大矩阵R中距离矩阵的快速计算方法

Question

我用R来计算一个大矩阵的距离矩阵。矩阵有39900行和1990年列：

set.seed(123)
#Matrix
M <- matrix(rnorm(39900*1990),nrow = 39900,ncol = 1990)

当我要计算距离矩阵时，就会出现这个问题：

#Distance
d <- dist(M,method = 'euclidean')

拥有一台具有icore3处理器的计算机和使用R64位的8GB内存，它已经运行了超过24小时，矩阵还没有被计算出来。

是否有任何方法来提高计算，也许使用Rcpp或其他方法？我需要获得的距离矩阵和本网站的其他解决方案都没有帮助解决问题。

Answer 1

也许可以尝试一下distances包：https://cran.r-project.org/web/packages/distances/distances.pdf

install.packages("distances")
library("distances")
set.seed(123)
M <- matrix(rnorm(39900*1990),nrow = 39900,ncol = 1990)
d <- distances(M)