从数据帧(emmGrid类)转换列表

Question

我想将一个列表转换为dataframe (下图)

我确实使用了do.call(rbind.data.frame, contrast)，但是，我得到了这个Error in xi[[j]] : this S4 class is not subsettable。我还是可以分开读。有人知道这件事吗？

使用包ARTool运行anova测试时得到的列表

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更新

这是我的原始代码，用来计算和完成模型。

Organism_df_posthoc <- bird_metrics_long_new %>% 
  rbind(plant_metrics_long_new) %>% 
  mutate(Type = factor(Type, levels = c("Forest", "Jungle rubber", "Rubber", "Oil palm"))) %>% 
  mutate(Category = factor(Category)) %>% 
  group_by(Category) %>% 
  mutate_at(c("PD"), ~(scale(.) %>% as.vector())) %>% 
  ungroup() %>% 
  nest_by(n1) %>% 
  mutate(fit = list(art.con(art(PD ~ Category + Type + Category:Type, data = data), 
                                  "Category:Type",adjust = "tukey", interaction = T)))

我已经展示了fit的输出。

Answer 1

使用rbind，而不是rbind.data.frame，有一个“emmGrid”对象的特定方法，如果只指定rbind，它可以通过匹配class直接使用正确的方法

do.call(rbind, contrast)

-output

wool tension emmean   SE df lower.CL upper.CL
 A    L         44.6 3.65 48     33.6     55.5
 A    M         24.0 3.65 48     13.0     35.0
 A    H         24.6 3.65 48     13.6     35.5
 B    L         28.2 3.65 48     17.2     39.2
 B    M         28.8 3.65 48     17.8     39.8
 B    H         18.8 3.65 48      7.8     29.8
 A    L         44.6 3.65 48     33.6     55.5
 A    M         24.0 3.65 48     13.0     35.0
 A    H         24.6 3.65 48     13.6     35.5
 B    L         28.2 3.65 48     17.2     39.2
 B    M         28.8 3.65 48     17.8     39.8
 B    H         18.8 3.65 48      7.8     29.8

Confidence level used: 0.95 
Conf-level adjustment: bonferroni method for 12 estimates 

原因是在加载rbind时有一个特定的emmeans方法。

> methods('rbind')
[1] rbind.data.frame  rbind.data.table* rbind.emm_list*   rbind.emmGrid*    rbind.grouped_df* rbind.zoo*  

创建的示例中的结构与OP的结构显示的匹配

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通过使用rbind.data.frame，它不匹配，因为类已经是emmGrid

数据

library(multcomp)
library(emmeans)


warp.lm <- lm(breaks ~ wool*tension, data = warpbreaks)

warp.emmGrid <- emmeans(warp.lm, ~ tension | wool)
contrast <- list(warp.emmGrid, warp.emmGrid)

如果OP使用'ARTool‘，如果列不同，则上述解决方案可能无法工作，因为rbind要求所有对象都具有相同的列名。我们可以通过使用tibble循环list (来自purrr)来转换为map并绑定它们。

library(ARTool)
library(purrr)
library(tibble)
map_dfr(contrast, as_tibble)

-output

# A tibble: 42 × 8
   contrast estimate    SE    df t.ratio  p.value Moisture_pairwise Fertilizer_pairwise
   <chr>       <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl>    <dbl> <fct>             <fct>              
 1 m1 - m2    -23.1   4.12  8.00  -5.61  0.00226  NA                NA                 
 2 m1 - m3    -33.8   4.12  8.00  -8.20  0.000169 NA                NA                 
 3 m1 - m4    -15.2   4.12  8.00  -3.68  0.0256   NA                NA                 
 4 m2 - m3    -10.7   4.12  8     -2.59  0.118    NA                NA                 
 5 m2 - m4      7.92  4.12  8      1.92  0.291    NA                NA                 
 6 m3 - m4     18.6   4.12  8      4.51  0.00849  NA                NA                 
 7 NA           6.83 10.9  24      0.625 0.538    m1 - m2           f1 - f2            
 8 NA          15.3  10.9  24      1.40  0.174    m1 - m3           f1 - f2            
 9 NA          -5.83 10.9  24     -0.533 0.599    m1 - m4           f1 - f2            
10 NA           8.50 10.9  24      0.777 0.445    m2 - m3           f1 - f2            
# … with 32 more rows

数据

data(Higgins1990Table5, package = "ARTool")
m <- art(DryMatter ~ Moisture*Fertilizer + (1|Tray), data=Higgins1990Table5)
a1 <- art.con(m, ~ Moisture)
a2 <- art.con(m, "Moisture:Fertilizer", interaction = TRUE)
contrast <- list(a1, a2)