在.Rprofile和.Renviron中设置R的默认行为。明白在哪里该做什么

Question

我正在努力理解.Renviron和.Rprofile文件的使用。如果我正确理解的话，.Rprofile是一个启动脚本，来源于R代码，它设置用户可能一直想要的选项和环境变量，或者是特定项目的选项和环境变量。另一方面，.Renviron是在.Rproject之前加载的，并且只定义环境变量。

通过设计，我理解R将加载用户或项目级别的.Renviron和.Rprofile文件，但它不会同时加载用户和项目级别的文件。本质上，R只会加载特定于项目的.Rprofile和.Renviron文件，前提是它们是定义的。尽管如此，有些库和函数在用户级.Rprofile中放置是谨慎的，因为我几乎一直都需要它(例如，我经常使用dplyr语法)，同时我也想加载特定于项目的库和函数。

对于我来说，.Renviron文件的目的更加难以捉摸。据我所知，它的目的是存储环境变量，如密码、API密钥等。。但是，我也可以使用.Rprofile使用Sys.setenv()设置环境变量。例如，我在项目的.Rprofile中设置了环境变量，以便在下面的包中使用并行化：

Sys.setenv(OMP_NUM_THREADS=parallel::detectCores())
library(OpenMx)

由于.Renviron不使用代码，我的假设是我可以使用以下语法将这一行放在.Renviron文件中：

OMP_NUM_THREADS=[number of cores]

但是，我发现很少有关于如何在.Renviron中设置环境变量的有用信息，以及在这里放置什么是明智的。

因此，我的问题是：

1. 在项目中工作时，如何同时加载用户和项目级别的.Renviron和.Rproject文件？
2. 我通常会在.Renviron中放置哪些环境变量？(任何关于如何设置变量的列表或教程都将不胜感激。)
3. 在哪些情况下，建议通过在.Renviron中使用Sys.setenv()向.Rprofile添加环境变量，反之亦然？

Answer 1

但是，我也可以使用.Rprofile ()在Sys.setenv()中设置环境变量。

“是的，但是”在标准POSIX行为下，这些操作不会改变之前必须为其设置变量的运行过程。

我就像你试着用~/.Rprofile (甚至是整个机器的Rprofile.site )尽可能长时间地过活，但最终在.Renviron中添加了一些东西

• R_LIBS_USER到""，因为我不希望安装在~下面。
• R_MAX_NUM_DLLS必须在这里
• 加上几个服务令牌
• 加上一个reticulate选项
• 加上一个R CMD check选项

因此，在某些情况下，您实际上必须使用.Renviron (或Renvirob.site)。