rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetAtomPairFingerprint(str)中的ArgumentError参数类型与C++签名不匹配：

Question

我目前正在处理肽数据，并试图从肽数据集中提取原子对指纹，用于机器学习分类器中。

我已经将我的肽序列设置为一个列表(所有这些序列都转换为微笑字符串)，现在我正在遍历列表，为每个肽创建一个指纹。但我不知道到底出了什么问题。注意：，我正在使用Google来完成这个任务。

这是我的代码：

pos = "/content/drive/MyDrive/pepfun/Training_format_pos (1).txt"

# pos sequences extract into list
f = open(pos, 'r')
file_contents = f.read()
data = file_contents
f.close()

newdatapos = data.splitlines()
print(newdatapos)

!pip install rdkit-pypi
import rdkit
from rdkit import Chem

# fingerprints for pos sequences

from rdkit.Chem.AtomPairs import Pairs
fingerprintpos = []
for item in newdatapos:
  converteditem = rdkit.Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA(item))
  atompos = Pairs.GetAtomPairFingerprint(converteditem)  
  fingerprintpos.append(atompos)

print(fingerprintpos)

任何建议都是非常感谢的。谢谢!

Answer 1

指纹是根据物体而不是微笑来计算的。converteditem = Chem.MolFromFASTA(item)应该能工作。