"Back engineering“--编译的二进制版本的R包

Question

我为一个拥有许多年前创建的内部包的组织工作。这些文件的形式是在WindowsonR 3.x上编译的package档案。因此，它们不能安装在R 4.x上，也不能在Mac或Linux上使用，除非重新编译。因此，整个组织中的每个人都被困在R 3.6上，直到这个问题得到解决。我无法访问原始的包源文件。他们迷失了时间..。

我想获取这些包，提取代码和数据，并为现代最佳实践(roxygen、GitHub repos、testthat等)更新它们。做这件事最好的方法是什么？我有相当多的包装开发经验。我已经解决了其中一个问题。我启动了一个新的RStudio包项目，并逐函数运行函数，将函数代码复制到一个新的脚本文件中，将帮助从帮助浏览器中获取并重新格式化为roxygen文档。对于我可以找到的任何内部隐藏函数(主要是通过pkg_name::: )，以及内部数据集，我都做了同样的工作。这一切都相当简单，但非常耗时。它构建得很好，但我还没有测试代码的实际功能。

我目前陷入困境，因为定制的standardGeneric类对象有几个S4方法函数。我完全不熟悉这些，并没有能够找到如何复制他们。将它们包装在new()中的源代码作为第一个参数(加上更明显的参数)，而不仅仅是所有其他函数的简单function定义。任何帮助如何重新或复制这些将是非常欢迎的。

但也许我一开始就走错路了。我还没有找到任何有用的建议，如何从编译版本中“备份”R包源文件。

有什么想法吗？

Answer 1

检查一下这在R 3.6中是否有效。

下面的脚本可以通过将所有函数源写入单独和适当命名的.R文件来自动化至少部分问题。此代码还将处理隐藏的函数。

提取码

# Use your package name
package_name <- "dplyr" 

# Extract all method names, including hidden
nms <- paste(lsf.str(paste0("package:", package_name), all.names = TRUE))

# Loop through the method names,
# extract head and body, and write them to R files
for (i in 1:length(nms)) {

    # Extract name
    nm <- nms[i]

    # Extract head
    hd_raw <- capture.output(args(nms[i]))
    # Collapse raw output, but drop trailing NULL
    hd <- paste0(hd_raw[-length(hd_raw)], collapse = "\n")

    # Extract body, collapse
    bd <- paste0(capture.output(body(nms[i])), collapse = "\n")
    
    # Write all to file
    write(paste0(hd, bd), file = paste0(nm, ".R"))
}

提取帮助文件

要以类似的方式提取函数的帮助文本，可以使用以下代码来回答：

纯文本的Get the documentation of an R function from the help as a string

• for

• ：.Rd文件内容：How to access the help/documentation .rd source files in R?

起点可以是这样的：

library(tools)
package_name <- "dplyr" 
db <- Rd_db(package_name)

# Extract all method names, including hidden
nms <- paste(lsf.str(paste0("package:", package_name), all.names = TRUE))

# Loop through the method names,
# extract Rd contents if they exist in this namespace, 
# and write them to new Rd files
for (i in 1:length(nms)) {
    
    # Extract name
    nm <- nms[i]
    
    rd_raw <- db[names(db) %in% paste0(nm, ".Rd")]
    if (length(rd_raw) > 0) {
        rd <- paste0(capture.output(rd_raw), collapse = "\n")
        # Write all to file
        write(rd, file = paste0(nm, ".Rd"))
    }
    
}