基于add_edges_from的图形工具顶点标注

Question

我尽力在网上寻找解决方案，但似乎在我的graph_tool网络中找不到解决方案。我有一个熊猫数据中心( dataframe df )，它有三个专栏：id_source，id_target，weight。id_source和id_target包含文本形式的名称。我想用它们作为顶点标签。但是，当从熊猫数据中添加边缘时，我必须设置hashed=True。然后，代码如下所示

from graph_tool.all import *

g = Graph()
eweight = g.new_ep('double')
vmap = g.add_edge_list(df.values, eprops=[eweight], hashed=True)

我的目标是绘制这个带有顶点标签的小网络。当我不知道通过g.add_edge_list()函数在图中引入每个新节点的顺序时，我就无法找到如何添加顶点属性的解决方案。

我应该先添加顶点吗？然后在图上执行add_edge_list函数。第二步会识别顶点名称(或标签)吗？

Answer 1

答案在vmap中。一直都在那里。当您对vmap进行索引时，它将得到标签名。

• vmap[0]将是第一个顶点recorded.
• vmap[1]的第二个顶点的标签，等等，

。

Answer 2

来自Graph.add_edge_list的文档

向图中添加一个边列表，由edge_list给出，它可以是源和目标都是顶点索引的(源，目标)对的迭代器，也可以是形状的numpy.ndarray (E,2)，其中E是边的数目，每一行指定一个(源，目标)对。如果列表引用图中不存在的顶点，则将创建它们。

您已经传递了df.values for edge_list，它有三列(即形状为(E，3))，但需要两列(形状为(E，2))。

试试这个：

g.add_edge_list(df[['id_source', 'id_target']].to_numpy(), eprops=[eweight], hashed=True)

我怀疑eprops应该是df['weight']，但我不确定。