在Python (神经科学)中分割成试验的尖峰序列图

Question

我想要创建一个在y轴上有多个列车的尖峰序列，这就是任务:将尖峰序列分割成试验--一个更复杂的方法来说明对刺激呈现的神经元反应，分别为每个单元绘制与刺激呈现时间一致的尖峰序列片段。要绘制这种类型的点显示，您需要从原始的尖峰序列中删除时间对齐段。在NumPy中进行这种分段的一种方便方法是使用高级索引，如下所示：

ts_spk = spikes[0]    # spike train of the 0-th unit
t_on = stim_on[0][0]    # the 0-th onset time of stimulus 0
ts_spk_trial = ts_spk[(t_on - 0.2 < ts_spk) & (ts_spk < t_on + 0.3)] - t_on

最后一行中的索引ts_spk(t_on - 0.2 < ts_spk) & (ts_spk < t_on + 0.3)获取满足方括号中给出的条件的ts_spk元素。这里的条件是一个尖峰时间(即ts_spk的一个元素)是否在-0.2秒(即试验开始)到从t_on (即刺激开始)到0.3秒(即试验结束)之间。请注意，t_on是从峰值时间减去的，因此ts_spk_trial存储了相对于刺激开始时间的峰值时间。

让我们使用这个索引来实现一个函数，比如segment_spike_train()，它在给定的一组刺激开始时间内从给定的尖峰序列中删除片段。

Taks1c:完成以下函数segment_spike_train()

def segment_spike_train(ts_spk, trig, t_pre, t_post):
    
    Segment a given spike train around a given set of trigger times.

    Arguments
    ---------
    ts_spk : a list or array containing spike times
    trig : a list or array containing trigger times for segmentation
    t_pre : start time of a segment relative to trigger time
    t_post : end time of a segment relative to trigger time

    Returns
    -------
    segments : a list containing segments cut out from the spike train
               around the trigger times
    
    segments = []

    for t_trig in trig:
        t_on = stim_on[0][0]
        ts_spk = ts_spk[(t_on + t_pre < ts_spk) & (ts_spk < t_on + t_post)] - t_on
        
    segments.append(ts_spk)
       
   
    return segments


    # set parameter values
    t_start = -0.2
    t_end = 0.3

    unitID = 0

    # cut out spike train segments and draw a dot display for each stimulus type
    for stimID in range(len(stim_on)):
        # cut out spike train segments
       spikes_trial = segment_spike_train(spikes[unitID],stim_on[unitID], t_start, t_end)    
    # give appropriate arguments

    # plot spike train segments
    plt.subplot(2, 2, stimID + 1)
    dotdisplay(spikes_trial)    # give an appropriate argument
    
    # decorate the plot
    plt.grid()
    plt.xlabel("Time from stimulus onset (s)")
    plt.ylabel("Trial index")
    plt.title("Stimulus Type {0}".format(stimID))

    plt.suptitle("Dot display: unit {0}".format(unitID))'''

数据格式数据以.npy格式保存(即保存numpy数组的标准文件格式)，spikes.npy包含20个同时记录的神经元的尖峰时间(以秒为单位)，stim_on.npy包含刺激演示文稿集合的时间戳(以秒为单位)，分别用于4种刺激类型。

在试用索引0处，只有一列有此代码的列车。我不知道我怎么能搭上多列火车。有人能帮忙吗？

Answer 1

不确定这是否有帮助：

https://neuron.yale.edu/neuron/static/docs/neuronpython/spikeplot.html

也许你可以使用他们的代码，或者了解如何去做。