用完全链接绘制聚类层次聚类

Question

通过绘制树状图，我需要使用完全链接来直观地表示层次聚类。

我的data.frame是从欧统局数据库(CP00 - HICP)获得的，经过一些清理后，如下所示：

(头(CP00))

structure(list(id = c("CP00", "CP00", "CP00", "CP00", "CP00", 
"CP00"), country = c("Austria", "Austria", "Austria", "Austria", 
"Austria", "Austria"), time = structure(c(10988, 11017, 11048, 
11078, 11109, 11139), class = "Date"), values = c(1.9, 1.9, 1.8, 
1.6, 2.4, 1.9)), row.names = c(NA, -6L), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))

有7344个观察。

首先，我使用完全链接计算了层次聚类，然后用完全链接计算了不同的矩阵：

# Dissimilarity matrix
CP00_clst <- dist(CP00, method = "minkowski", p = 1.5)

# Hierarchical clustering using Complete Linkage
CP00_clst <- hclust(CP00_clst, method = "complete")

最后，简单地用标题作图：

# Plot the obtained dendrogram
plot(CP00_clst, main = "Clusterin Countries based on HICP")

然而，结果就是我所需要的，比如一个清晰的树状图。此外，我还需要将树状图划分为4个簇。

这是我的结果：

我的结果

这是我需要的结果：

所需结果

我对R还不熟悉，而且可能在不同的矩阵中有什么不对。谢谢你的帮助!

Answer 1

你想把7344个实体绘制成树状图还是只绘制几个国家？

如果有几个国家:对于dist函数，您有一个长格式的CP00 (每个对象有一个值)，但是，dist函数需要一个宽格式(每行有一个对象，多个属性作为列；参见https://www.statology.org/long-vs-wide-data/)。

这些矩形可以通过rect.hclust函数简单地从stats包中添加：https://rdrr.io/r/stats/rect.hclust.html