基于DNA坐标的mRNA序列检索

Question

我有一个基因组DNA坐标(hg38)的列表，我想检索相应的mRNA序列200 up以上/下游的这些坐标的位置，和想法？

谢谢。

我已经尝试了表格浏览器，很容易得到所有的密码子序列的坐标，但我不知道在哪里设置参数200 bp上下流的这些坐标。

Answer 1

使用bedtools getfasta。将输入坐标更改为bed格式，并使用任何脚本工具在两个方向上将间隔增加200 nt。从医生那里：

$ cat test.fa
>chr1
AAAAAAAACCCCCCCCCCCCCGCTACTGGGGGGGGGGGGGGGGGG

$ cat test.bed
chr1 5 10

$ bedtools getfasta -fi test.fa -bed test.bed
>chr1:5-10
AAACC

# optionally write to an output file
$ bedtools getfasta -fi test.fa -bed test.bed -fo test.fa.out

$ cat test.fa.out
>chr1:5-10
AAACC

您可以安装bedtools，例如，使用conda

conda create --channel bioconda --name your_env_name bedtools

参考资料：

conda：https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/index.html

conda create：https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/create.html