在R中计算每天观察组内的累积和

Question

我是新的R，需要你的帮助，为一个相对简单的任务。我有一个数据框架，其中包括许多样本，为这些样本收集了在不同日期收集的观测数据。观测日期的数目和每个日期内的观测次数在样本之间有所不同。我的数据框架的简短示例：

sampleID day    obs
sample-1   2   blue
sample-1   3    red
sample-1   3 yellow
sample-1   6  green
sample-1   6   blue
sample-1   6  black
sample-2   4   blue
sample-2   4 yellow
sample-2   8 orange
sample-2  10  black
sample-2  12    red
sample-3   1  white
sample-3   1  black
sample-3   5 orange
sample-3   5   blue

我想要的是一个输出表，其中的数据描述如下：

sampleID day n_obs n_cumulative
sample-1   2     1            1
sample-1   3     2            3
sample-1   6     3            6
sample-2   4     2            2
sample-2   8     1            3
sample-2  10     1            4
sample-2  12     1            5
sample-3   1     2            2
sample-3   5     2            4

也就是说，在每一行中，我希望得到该样本的样本ID、日期、该特定样本在该一天的观测次数，以及在最后一栏中，对该特定样本的观测次数的累积和。观察类型(红色，蓝色，…)没关系，我只对每个收集日的观测数感兴趣。

谢谢你的建议！

Answer 1

你可以这样做：

library(dplyr)

df %>%
  count(sampleID, day, name = 'n_obs') %>%
  group_by(sampleID) %>%
  mutate(n_cumulative = cumsum(n_obs))

输出：

# A tibble: 9 x 4
# Groups:   sampleID [3]
  sampleID   day n_obs n_cumulative
  <fct>    <int> <int>        <int>
1 sample-1     2     1            1
2 sample-1     3     2            3
3 sample-1     6     3            6
4 sample-2     4     2            2
5 sample-2     8     1            3
6 sample-2    10     1            4
7 sample-2    12     1            5
8 sample-3     1     2            2
9 sample-3     5     2            4