实验设计衣藻

Question

我试图拟合一个模型，但我对我做错了什么感到困惑，因为我的总结模型说它的边界是单数的。因此，我的研究是为了研究温度对一种模式藻类衣藻生长速度的影响。5种温度(10◦C、15◦C、20◦C、25◦C、30◦C)用于藻类的培养。为了保持指数生长，藻细胞在充足的光照和营养条件下进行培养。为了研究同一物种的不同菌株的生长是否不同，从一个较大的物种库中随机选取了10个菌株。每个菌株在每个温度下建立了4个重复。

所以我拟合了一个混合模型，温度是固定的，应变是随机的。这是我使用的代码。( Z.lmer<-lmer(Growth~Temperature+(1|StrainID/Temperature)，data=MyData)我要得到这个

Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: log10Growth ~ Temperature + (1 | StrainID/Temperature)
   Data: MyData

REML criterion at convergence: -175.3

Scaled residuals: 
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-2.9327 -0.6274  0.1274  0.6713  2.1528 

Random effects:
 Groups               Name        Variance Std.Dev.
 Temperature:StrainID (Intercept) 0.00000  0.0000  
 StrainID             (Intercept) 0.12350  0.3514  
 Residual                         0.01683  0.1297  
Number of obs: 199, groups:  Temperature:StrainID, 50; StrainID, 10

Fixed effects:
             Estimate Std. Error t value
(Intercept)   0.63110    0.11151   5.660
Temperature1 -0.17246    0.01836  -9.394
Temperature2 -0.04106    0.01836  -2.236
Temperature3  0.01812    0.01836   0.987
Temperature4  0.13341    0.01854   7.195

Correlation of Fixed Effects:
            (Intr) Tmprt1 Tmprt2 Tmprt3
Temperatur1  0.000                     
Temperatur2  0.000 -0.248              
Temperatur3  0.000 -0.248 -0.248       
Temperatur4  0.001 -0.253 -0.253 -0.253
optimizer (nloptwrap) convergence code: 0 (OK)
boundary (singular) fit: see help('isSingular')

这里它的边界是奇异的，这意味着我不能继续这个模型，对吗？有人能帮上忙吗？

Answer 1

相互作用方差为0。最好将随机部分中的模型简化为：

(1 | StrainID)

您可以运行两种模型m1和m2，一种没有交互，另一种没有交互，并将这两种模式进行比较，例如：

anova(m1,m2)

并根据准则(AIC、BIC、loglik)选择最优模型。希望能帮上忙。