从预置的yaml文件到conda环境中的Qiime2安装不起作用，因为有genomeinfodbdata包，如何修复？

Question

在官方qiime2网站上使用给定的yaml文件将最新的yaml版本安装到conda环境中时。安装会产生一个与genomeinfodbdata包有关的错误。

我尝试更新conda环境并使用其他genomeinfodbdata版本。但它不起作用。

Answer 1

我贴出这个问题是因为它花了一些时间测试，并且想让你们省去麻烦。这是我的办法。这个问题发生在linux发行版上。

您还应该更新conda环境。

因此，在qiime2 .yml文件中，https://docs.qiime2.org/2022.8/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment上存在一个会带来麻烦的包。在创建一个conda环境之前，进入yml文件并从文件中移除以下包/行：

• bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.7

在创建环境之后，您必须手动添加以下软件包: conda安装-c生物导体-genomeinfodbdata

这将安装相同的版本，但没有额外的问题。