使用Docker安装QIIME2

Question

有人能帮我弄清楚为什么我的C磁盘需要20克左右才能通过Docker安装QIIME2吗？谢谢!

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在安装QIIME2之前，我的C磁盘中有30 8GB，但安装后只有8GB。

Answer 1

对这个问题的简短回答是: QIIME2相当大。但我相信你已经知道了，所以让我们来研究一下细节。

首先，QIIME图像在未压缩时大约为12 is。(这就产生了一个问题:如果总共损失了20 8GB，那么其他的8GB又会去哪里呢？)我对此没有答案。)

使用一个名为潜水的工具，我可以探索QIIME映像，并查看磁盘空间的去向。在日志中有一个突出的条目：

5.9 GB  |1 QIIME2_RELEASE=2022.8 /bin/sh -c chmod -R a+rwx /opt/conda 

作为参考，chmod命令是一个命令，它更改目录的权限，而不更改目录本身。然而，这个命令只负责图像的一半大小。原来是因为码头的内部工作方式。如果层更改了文件的元数据或权限，则必须将原始文件重新包含到该层中。更多信息

其余的6GB，主要来自QIIME安装其所有依赖项的步骤。对于与conda一起打包的项目来说，这是相当合理的。

总之，这是三个因素的交集：

1. 与等效的pip软件包相比，Conda相当缺乏空间。
2. QIIME有很多特性和依赖性。
3. 每个依赖项都包含两次。