从API保存检索到的文档

Question

我目前正在尝试从materialsproject.org下载一个cif文件，这个文件只能通过API下载。他们告诉我使用Mybinder.org运行他们的代码：

from mp_api.client import MPRester
from pymatgen.analysis.diffraction.xrd import XRDCalculator
from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer

with MPRester(api_key='8dI6UZHs3Nc9lxTp75RrJcPdwvPn6jZb') as mpr:
    # first retrieve the relevant structure
    structure = mpr.get_structure_by_material_id('mp-980949')

# important to use the conventional structure to ensure
# that peaks are labelled with the conventional Miller indices
sga = SpacegroupAnalyzer(structure)
conventional_structure = sga.get_conventional_standard_structure()

# this example shows how to obtain an XRD diffraction pattern
# these patterns are calculated on-the-fly from the structure
calculator = XRDCalculator(wavelength='CuKa')
pattern = calculator.get_pattern(conventional_structure)

当我运行代码时，它告诉我“检索MaterialsDoc文档: 100%”。从这里我该怎么做？我猜想它只是检索了文档，还没有下载到我的电脑上。我对编程和API完全一无所知。它也不需要下载作为一个cif文件。一个简单的txt。文件也会有帮助。我可以用它创建我自己的cif文件。

我试着用Python从我的PC上运行代码，但是什么也没有发生。在使用Google找到下载从API中检索到的数据的方法之后，我复制了一些其他用于下载检索到的数据的代码，但这也不起作用。

Answer 1

你提供的那些东西(这可能是他们告诉你的全部？)假定事先了解或熟悉Python和/或MyBinder。如果他们没有提供给你，那么也许他们会把你引向他们网站上的其他材料和资源？

我认为，如果没有作者的进一步帮助，我们将如何做到这一点：

1. 单击此处启动一个临时会话，该会话具有运行已经安装的提供的代码所需的所有必要依赖项。
2. 启动一个新的笔记本并输入您的代码。(或者，将该代码和进一步的步骤放在笔记本中，在新的笔记本单元中输入!curl -OL https://gist.githubusercontent.com/fomightez/8ef2f588965fbc10f19db79ee0035094/raw/778f399652a08a1f4be70400c5592c59e59cd876/demo_use_mp_api_with_MaterialsProject.ipynb。给它几秒钟的时间来获取笔记本文件&然后双击现在应该出现在左侧文件浏览器面板中的那个demo_use_mp_api_with_MaterialsProject.ipynb文件。打开那个笔记本，然后从'File‘>区域> 'Run’> 'Run All Cells‘>中选择，然后在那里查找我在这里所写的其他内容。)
3. 我注意到它没有生成任何文件，尽管它说“检索MaterialsDoc文档”。因此，似乎检索到的内容必须在当前活动的Python对象中。
4. 为了了解它们是什么，我查看了分配的变量，并将它们作为木星笔记本单元中的最后一行输入，并运行这些单元。例如，我输入了以下单元格：

structure

运行了那个手机然后我看到：

Structure Summary
Lattice
    abc : 7.086166087833533 7.086166087833533 8.514034991951231
 angles : 54.50319138768853 54.50319138768853 54.77885193228324
 volume : 264.22028210282747
      A : 3.259891 6.291809 0.0
      B : -3.259891 6.291809 0.0
      C : 0.0 5.567899 6.441063
    pbc : True True True
PeriodicSite: W (1.9253, 6.2918, 0.0000) [0.7953, 0.2047, 0.0000]
PeriodicSite: W (-1.9253, 6.2918, 0.0000) [0.2047, 0.7953, 0.0000]
PeriodicSite: Cl (0.0000, 13.1912, 5.4807) [0.6718, 0.6718, 0.8509]
PeriodicSite: Cl (0.0000, 7.1635, 5.2908) [0.2058, 0.2058, 0.8214]
PeriodicSite: Cl (1.7149, 10.5162, 4.5739) [0.7845, 0.2585, 0.7101]
PeriodicSite: Cl (-1.7149, 10.5162, 4.5739) [0.2585, 0.7845, 0.7101]
PeriodicSite: Cl (1.7149, 7.6353, 1.8672) [0.7415, 0.2155, 0.2899]
PeriodicSite: Cl (-1.7149, 7.6353, 1.8672) [0.2155, 0.7415, 0.2899]
PeriodicSite: Cl (0.0000, 10.9880, 1.1503) [0.7942, 0.7942, 0.1786]
PeriodicSite: Cl (0.0000, 4.9603, 0.9603) [0.3282, 0.3282, 0.1491]

我也是用pattern和conventional_structure做的。

(请注意，木星笔记本单元中的最后一行是特殊的，因为REPL上下文将被用来评估和显示相应的输出，不管这一行是什么。)

1. 通过将剪贴板粘贴到您最喜欢的代码编辑器中，您可以选择并复制本地机器上的文件。为了你的需要也许这就足够了？如果您继续阅读，我将描述如何将指定变量的值发送到您可以下载的文本文件中，而无需复制粘贴。
2. 如果要根据分配给每个变量的内容创建文本文件，可以使用木星/IPython%储存魔法将变量的值发送到文本文件。我将再次使用structure作为示例。在单元格中输入以下内容，将pattern的值保存到文本文件中。

%store pattern >pattern.txt

几秒钟后，在文件浏览器自动更新之后，您将看到pattern.txt出现在文件浏览器中。如果不想等待，可以在单元格中运行ls。它应该列在当前工作目录中的文件中。

1. 任何有用的内容，都需要在临时会话超时之前从它下载。因此，如果使用步骤6生成文本文件，则需要将这些文本文件从远程会话下载回本地机器。如果你在笔记本上这样做，你可能也想下载。例如，我就是这样得到这的，我在上面的步骤2中建议您在会话中获取和运行它。 若要下载左侧文件浏览器中显示的文件，请在列表中找到文件，然后在文件浏览器中右击它们以单独选择它们，然后从出现的菜单中选择“下载”。系统会提示您要将文件保存在呼叫机上的位置。