芭蕾特ComplexHeatmap

Question

我在热图上做了一个列注释。我用ComplexHeatmap。

我对注释的输入是：

vector_pvalues_adj <- c(0.3778364, 0.0001000, 0.2122000, 0.4174714, 0.3778364, 0.4799250, 0.1613250, 0.4861000, 0.4174714, 0.1008000, 0.0141000, 0.4174714, 0.0001000, 0.0018000, 0.4861000, 0.4799250, 0.0001000, 0.0001000)

守则是：

library(ComplexHeatmap)
column_ha3 = HeatmapAnnotation("-log adj p-value"= anno_barplot(-log(vector_pvalues_adj)), gp = gpar(fill = "red"), height =  unit(20, "mm"))

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我要加一个an

abline(h = -log(0.05), col= "red")

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但我不能，有人能给我建议怎么做吗？

Answer 1

为了添加类似于水平线的内容，可以使用ComplexHeatmap函数decorate_annotation和grid包。

这增加了虚线。

library(ComplexHeatmap) # BiocManager::install("ComplexHeatmap")
library(grid)

# original code from question
vector_pvalues_adj <- c(0.3778364, 0.0001000, 0.2122000, 0.4174714, 
                        0.3778364, 0.4799250, 0.1613250, 0.4861000,
                        0.4174714, 0.1008000, 0.0141000, 0.4174714,
                        0.0001000, 0.0018000, 0.4861000, 0.4799250,
                        0.0001000, 0.0001000)

# original code from question
column_ha3 = HeatmapAnnotation(
  "-log adj p-value" = anno_barplot(-log(vector_pvalues_adj)), 
  gp = gpar(fill = "red"), height =  unit(20, "mm"))

# added for context
Heatmap(matrix(rnorm(18*18), 18), name = "mat", top_annotation = column_ha3)

# 'decorate' "-log adj p-value"
decorate_annotation("-log adj p-value", {
  grid.lines(c(.5, 18.5), c(4, 4), gp = gpar(lty = 2, col = "red"),
             default.units = "native")
})

在最后一个函数中，c(.5, 18.5)是x轴值，它总是等价于列数，或者根据数据(使用.5 get's you to the边)：18。

对于y，我把它设为4开始，4结束，所以你得到一条水平线。在gpar中，我使用了lty = 2，它给了我一个虚线，而不是默认的实线。)

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