如何从具有特定列值的dataframe中选择行？

Question

我有一个dataframe (peak.anno_C1_4)，它有5578个obs和19个变量，以及一个值列表(intestine_unique)，我想检查它们是否在dataframe的一个列中，如果它们在其中，我希望在一个新的dataframe中提取相应的行(包含所有19个变量)。

intestine_unique <- c("atm-1", "cdc-3", "fgf-5")

peak.anno_C1_4 

chr  start    end       name
1    12345   12347     atm-1
1    2345    2344      cdc-3
2    3456    3455      fgf-5
2    4567    4566      dfr-3

我只想要前三行，所以我做了这个循环，但它不工作

intestine<-data.frame()

for (i in 1:length(intestine_unique)){
  for (j in 1:length(peak.anno_C1_4$SYMBOL)){
    if (i == j)
      intestine <- peak.anno_C1_4
  }
}

有人能帮我吗？

Answer 1

我能想象到这有几种方式。如果要查找任何完整的字符串匹配，可以使用if_any和%in%。或者，您可能需要查找部分字符串匹配，在这种情况下，我将使用grepl。注意完整的部分字符串匹配的输出差异。我以这里的starwars数据集为例。

library(tidyverse)

vals <- c("red", "Watto")

data <- starwars |>
  select(name, hair_color, skin_color, eye_color)

#full string mataches
data |>
  filter(if_any(everything(), \(x) x %in% vals))
#> # A tibble: 7 x 4
#>   name        hair_color skin_color    eye_color
#>   <chr>       <chr>      <chr>         <chr>    
#> 1 R2-D2       <NA>       white, blue   red      
#> 2 R5-D4       <NA>       white, red    red      
#> 3 IG-88       none       metal         red      
#> 4 Bossk       none       green         red      
#> 5 Nute Gunray none       mottled green red      
#> 6 Watto       black      blue, grey    yellow   
#> 7 Darth Maul  none       red           yellow

#partial string matches
data |>
  filter(if_any(everything(), \(x) grepl(paste(vals, collapse = "|"), x)))
#> # A tibble: 10 x 4
#>    name        hair_color skin_color       eye_color
#>    <chr>       <chr>      <chr>            <chr>    
#>  1 R2-D2       <NA>       white, blue      red      
#>  2 R5-D4       <NA>       white, red       red      
#>  3 IG-88       none       metal            red      
#>  4 Bossk       none       green            red      
#>  5 Nute Gunray none       mottled green    red      
#>  6 Watto       black      blue, grey       yellow   
#>  7 Sebulba     none       grey, red        orange   
#>  8 Darth Maul  none       red              yellow   
#>  9 R4-P17      none       silver, red      red, blue
#> 10 Shaak Ti    none       red, blue, white black