使用通过BiocManager安装的包

Question

我正在创建一个R包来绘制VCF文件中的一些数据。我需要包括Biostrings 套餐。

问题是，如果我在我的Biostrings文件中指定DESCRIPTION：

#...
Imports:
  BiocManager (>= 1.30.19),
  tidyverse (>= 1.3.2),
  GenomicFeatures (>= 1.48.4),
  Biostrings (>= 2.64.1),
  ggbio (>= 1.44.1)
#...

它告诉我它找不到它：

> devtools::install_github("cccnrc/plot-VCF")
Using github PAT from envvar GITHUB_TOKEN
Downloading GitHub repo cccnrc/plot-VCF@HEAD
Skipping 3 packages not available: ggbio, Biostrings, GenomicFeatures
✔  checking for file ‘/tmp/RtmpZkWQ8w/remotes2ee5f54e7e2a6/cccnrc-plot-VCF-d0a0d12/DESCRIPTION’ ...
─  preparing ‘plotVCF’:
✔  checking DESCRIPTION meta-information ...
─  checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
─  checking for empty or unneeded directories
─  building ‘plotVCF_0.0.0.9000.tar.gz’
   
Installing package into ‘/home/enrico/app/packrat-prove/plot-VCF-install/packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/4.2.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
ERROR: dependencies ‘GenomicFeatures’, ‘Biostrings’, ‘ggbio’ are not available for package ‘plotVCF’

另一方面，如果我将它们从DESCRIPTION中删除，则包无法工作，因为它找不到函数：

#...
Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘Biostrings’
#...

我怎么才能解决这个问题？我试图谷歌和搜索在这里，但没有运气！

Answer 1

使用BiocManager安装github包：

BiocManager::install("cccnrc/plot-VCF")

或者使用BiocManager::repositories()告诉github_install()关于其他存储库的信息。德沃尔斯委托给遥控器包，因此直接使用remotes

remotes::install_github(
    "cccnrc/plot-VCF",
    repos = BiocManager::repositories()
)

在生物导体支撑点上询问有关生物导体的问题。