在R上的数据中，将一行中的每2个值堆叠/重新排列成2列，逐行排列

Question

我希望我能解释清楚我的问题是有道理的！被困在这上面好几个小时了。

我所拥有的:数据栏是基因(基因a，基因b，基因c，等等)。行是在两种条件下的单元簇(集群a_ctrl、集群a_exp、clusterb_ctrl等)。

我想要的是:我想要的是相反的方式(但不是换位！)因此，列是集群(集群a、集群b、集群c等)。行为基因a_ctrl、基因a_exp、基因b_ctrl等两种条件下的基因。

谢谢你的帮助！

Answer 1

首先，一些假数据：

df1 <- data.frame(cluster = c("clustera_ctrl", "clustera_exp", "clusterb_ctrl", "clusterb_exp"),
           gene_a = 1:4,
           gene_b = 5:8,
           gene_c = 9:12)

        cluster gene_a gene_b gene_c
1 clustera_ctrl      1      5      9
2  clustera_exp      2      6     10
3 clusterb_ctrl      3      7     11
4  clusterb_exp      4      8     12

方法使用独立的、pivot_longer和pivot_wider与tidyr。我认为使用一个pivot_longer有一种更短的方法，但这一点应该足够清楚。

library(tidyverse)
df1 %>%
  separate(cluster, c("cluster", "type"), sep = "_") %>%
  pivot_longer(starts_with("gene")) %>%
  pivot_wider(names_from = c(name, type), values_from = value)


# A tibble: 2 × 7
  cluster  gene_a_ctrl gene_b_ctrl gene_c_ctrl gene_a_exp gene_b_exp gene_c_exp
  <chr>          <int>       <int>       <int>      <int>      <int>      <int>
1 clustera           1           5           9          2          6         10
2 clusterb           3           7          11          4          8         12