在映像构建过程中在同一个Dockerfile中运行PIP安装库

Question

我需要在我的docker映像中安装一个PIP库，并从同一个Dockerfile中运行它。

示例：

from python

COPY requirements.txt /app/requirements.txt
RUN pip3 install -U -r ete3

RUN 'python3 -c "from ete3 import NCBITaxa;NCBITaxa();"'


CMD ["gunicorn", "-k", "uvicorn.workers.UvicornWorker", "-c", "gunicorn_conf.py", "api.main:app"]

运行此操作失败

/bin/sh: 1: python3 -c "import ete3": not found
The command '/bin/sh -c 'python3 -c "from ete3 import NCBITaxa;NCBITaxa();"'' returned a non-zero code: 127

但是，如果我删除了RUN指令，完成构建，附加到正在运行的容器python3 -c "from ete3 import NCBITaxa;NCBITaxa();"就可以了。

我猜想既然它的pip安装到/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/ete3中，那么它应该在PYTHONPATH中吗？还是因为这是在映像构建时，系统还没有可用呢？有什么诡计吗？

我需要这个功能来在构建时将一些NCBI数据库更新到映像中，这样这个ete3库就是up2date来进行部署。ete3会在运行时提取文件，这既慢又糟糕。

另一种选择可以是使用从Dockerfile1安装的PIP库预构建映像，并在Dockerfile2中运行更新？

Answer 1

您需要将要运行的命令放到像something.py这样的python脚本中。

你的something.py文件看起来

import eta3
...
...
...

然后把最后一行改为，

CMD python /home/username/something.py

根据您的注释，您可以对bash脚本执行相同的操作，并使用dockerfile中的CMD命令来运行它，如下所示。

您的脚本将具有您想要这样运行的命令。

#!/bin/bash
gunicorn -k uvicorn.workers.UvicornWorker -c gunicorn_conf.py 

您可以将这一行添加到您的停靠文件中。

CMD /bash_script.sh