如何覆盖2个nifti文件？

Question

我是nifti世界的初学者，必须将两个niftis (一个分割的白质和一个分割的灰质图像)叠加在一起。我试过用FSLeyes，但我不能把它们保存到一个nifti。

如果有人处理过同样的问题，并能提供帮助，那就太好了，谢谢

Answer 1

FSLeyes有很好的文档，您可以阅读如何从命令行加载所有图像。如果您的两个片段被称为seg1.nii.gz和seg2.nii.gz，根据上面的URL，您可以用

fsleyes -sortho -std1mm seg1.nii.gz -cm red-yellow seg2.nii.gz -cm blue-lightblue

这将在高分辨率的标准空间解剖背景上以不同的颜色显示它们。

查看图像不会将它们一起保存为一个新文件。如果这两个片段都是二进制的，那么您可以将它们放在一个卷中，其中包括：

fslmaths seg1 -sub seg2 seg12

然后seg12.nii.gz在灰色背景下将seg1部分显示为阳性(FSLeyes中为白色)，而将seg2部分显示为阴性(在FSLeyes中为黑色)。

如果您需要这方面的建议，那么在FSL邮件列表中更容易询问，在那里您可以问更多特定于FSL的问题。

Answer 2

如果我正确地理解了您，一种方法是使用像FSLeyes这样的nifti查看器来加载两个图像，然后调整每个图像的透明度，直到您能够同时看到两个图像。我想你需要从这里拍张截图或者其他的东西。

另一种覆盖两个nifti文件的方法是使用nifti转换工具，如AFNI中的3 3dcalc，将这两个图像合并在一起。您需要将两个图像加载到工具中，然后指定如何合并图像，例如将值相加或将值相乘。