为什么blogdown要通过normalizePath放置mamba命令？

Question

我正在做的事情是：

1. 我有一个博客，它使用blogdown来呈现.Rmd文件，
2. 博客中的一些代码片段都是用Python实现的。我使用的是reticulate，

，

1. ，我使用GitHub工作流来构建和发布博客，作为一个更大的网站的一部分。此工作流在miniconda.

中设置环境和包依赖项。

上次这是六个月前的事。在那个时候，它起了作用。现在，事实并非如此。为了进行更详细的调试，我似乎无法在本地复制该行为。

它似乎试图将mamba命令放入normalizePath，而不是文件系统路径(www-main是存储库的名称)：

conda activate www-main
Rscript -e 'blogdown::build_site(local=FALSE, run_hugo=FALSE, build_rmd="content/blog/2020-08-28-api.Rmd")' 
  shell: /usr/bin/bash -l {0}
  env:
    CONDA_PKGS_DIR: /home/runner/conda_pkgs_dir
Rendering content/blog/2020-08-28-api.Rmd...
[...]
Quitting from lines 401-410 (2020-08-28-api.Rmd) 
Error in normalizePath(conda, winslash = "/", mustWork = TRUE) : 
  path[1]="# cmd: /usr/share/miniconda/condabin/mamba update --name www-main --file /home/runner/work/www-main/www-main/conda": No such file or directory
Calls: local ... python_munge_path -> get_python_conda_info -> normalizePath
Execution halted
Error: Failed to render content/blog/2020-08-28-api.Rmd
Execution halted

2020-08-28-api.Rmd的第401-410行是一个Python块：

400 ```{python python-data, dev='svg'}
401 import covidcast
402 from datetime import date
403 import matplotlib.pyplot as plt
404 
405 data = covidcast.signal("fb-survey", "smoothed_hh_cmnty_cli",
406                         date(2020, 9, 8), date(2020, 9, 8),
407                         geo_type="state")
408 covidcast.plot_choropleth(data, figsize=(7, 5))
409 plt.title("% who know someone who is sick, Sept 8, 2020")
410 ```

conda info输出的有用部分，以防有帮助：

     active environment : www-main
    active env location : /usr/share/miniconda/envs/www-main
            shell level : 1
       user config file : /home/runner/.condarc
 populated config files : /home/runner/.condarc
          conda version : 4.12.0
    conda-build version : not installed
         python version : 3.9.12.final.0
       virtual packages : __linux=5.15.0=0
                          __glibc=2.31=0
                          __unix=0=0
                          __archspec=1=x86_64
       base environment : /usr/share/miniconda  (writable)
      conda av data dir : /usr/share/miniconda/etc/conda
  conda av metadata url : None
           channel URLs : https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
                          https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /home/runner/conda_pkgs_dir
       envs directories : /usr/share/miniconda/envs
                          /home/runner/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.12.0 requests/2.27.1 CPython/3.9.12 Linux/5.15.0-1020-azure ubuntu/20.04.5 glibc/2.31
                UID:GID : 1001:121
             netrc file : None
           offline mode : False

我发现了这个，但是他们的解决方法对我来说没有意义，因为我不使用造纸机：https://github.com/rstudio/reticulate/issues/1184

• I找到了这个，但是我的路径没有空间：https://github.com/rstudio/reticulate/issues/1149

• I找到了这个，但是他们的问题包括path[1]的一个完全合理的价值，不像我的：How can I tell R where the conda environment is via a docker image?

这方面的构建环境有点困难，但如果需要的话，我可能可以编写一个最小工作(/nonworking)示例lmk。

Answer 1

I tracked this down to at least two bits of weird/buggy behavior in reticulate找到了一个解决办法:从香草迷你型转向曼巴福尔。

TL;DR似乎认为，无论最新的设置--miniconda@v2环境开始投入到meta/history中--都不包括create行，这是reticulate为了确定哪一个conda与哪个python一起使用而需要的，因为(1)它由于某种原因忽略了reticulate.conda_binary设置，(2)它使用一个更严格的正则表达式来解析历史文件的行，而不是它用来选择它们的regex。Mambaforge确实包含了create系列，所以reticulate很高兴。

      - uses: conda-incubator/setup-miniconda@v2
        with:
          python-version: 3.9
          activate-environment: www-main
          miniforge-variant: Mambaforge
          miniforge-version: latest
          use-mamba: true
          use-only-tar-bz2: true # (for caching support)
      - name: Update environment
        run: mamba env update -n www-main -f environment.yml