用多因素标记hclust树状图

Question

我正在对一些生态数据进行分层聚类分析&我在挣扎，这些标签是数字的，几乎毫无意义：树状图w/无意义标签。

本质上，我想把我的数据中的两个阶乘列绑定在一起，以创建标签，说明哪些数据点是什么，而我对R的标签系统的理解还不够好，无法理解我想要做什么。

如果看到我的代码将帮助您更好地理解，那么下面就是：

nta ##data frame: 32obs, 40 variables - 
    ##$Quadrant factor w/8levels
    ##$Position factor w/4levels
nta.bc ##bray-curtis dissimilarity matrix of data
nta.hclust ##average-linked cluster object of nta.bc

##attempt to plot w/labels
plot(nta.hclust) +
  labels(nta, which = c(nta$Quadrant,nta$Position)) +
  rect.hclust(nta.hclust,k=4)

有人有指点吗？

Answer 1

您应该使用dput()包含示例数据，这样我们就可以用自己的数据示例来说明答案。还要提供实际的代码，而不是注释，因为问题可能在代码中。下面是一个使用包vegan中包含的vegan数据的示例。主要问题是，您使用的是ggplot2语法和基本图形函数。您是否收到了问题中没有包含的错误消息？

data(varespec)    # Load varspec data set included in vegan
vsp.bc <- vegdist(varespec, method="bray")
vsp.hcl <- hclust(vsp.bc, method="average")
plot(vsp.hcl, labels=paste("Plot", rownames(varespec)))
rect.hclust(vsp.hcl, k=4)

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