如何在虚拟环境中运行shell exectued python脚本

Question

我有一个shell脚本，它执行一些python代码，并在此之前安装必要的依赖项：

sudo -E PATH="$PATH" python3 -m pip install -r requirements.txt

脚本在执行时成功运行，如下所示：

./script.sh

但是，当我使用sudo权限运行脚本时，我从Python获得了一个导入错误：

sudo ./script.sh

Traceback (most recent call last):
  File "dsc.py", line 2, in <module>
    from imblearn.over_sampling import ADASYN
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/imblearn/__init__.py", line 53, in <module>
    from . import ensemble
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/imblearn/ensemble/__init__.py", line 8, in <module>
    from ._forest import BalancedRandomForestClassifier
  File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/imblearn/ensemble/_forest.py", line 28, in <module>
    from sklearn.utils.fixes import _joblib_parallel_args
ImportError: cannot import name '_joblib_parallel_args' from 'sklearn.utils.fixes' (/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sklearn/utils/fixes.py)

当脚本被赋予sudo权限时，我不明白为什么Python不能再导入ADASYN。

我正在使用virtualenv进行版本控制。在执行shell脚本时，当我检查imblearn包在同一个虚拟环境中的位置时，我得到：

❯ python3 -m pip show imblearn
WARNING: Package(s) not found: imblearn

但当我不在虚拟环境中时，我可以找到它：

❯ deactivate
❯ python3 -m pip show imblearn
Name: imblearn
Version: 0.0
Summary: Toolbox for imbalanced dataset in machine learning.
Home-page: https://pypi.python.org/pypi/imbalanced-learn/
Author: UNKNOWN
Author-email: UNKNOWN
License: UNKNOWN
Location: /usr/local/lib/python3.8/dist-packages
Requires: imbalanced-learn
Required-by: 

这意味着我的shell脚本确实安装了依赖项，但不安装在执行它的虚拟环境中。删除imblearn包并运行shell脚本将再次安装它，因此我确信，将包安装到默认位置的是这个shell脚本。我认为，通过使用sudo -E PATH="$PATH"选项运行Python，可以确保python命令具有与运行它的虚拟环境相同的路径，因此具有正确的依赖关系。但是，考虑到依赖项安装在默认的package目录/usr/local/lib/python3.8/dist-packages中，情况似乎并非如此。

，那么我如何在执行shell脚本的同一个虚拟环境中运行python代码呢？是可能的吗？我熟悉Python，但对shell非常陌生。

我使用的是Python3.8.10(这两者都是默认的和虚拟的)，Ubuntu20.04和zsh。

Answer 1

如果运行sudo ./script.sh，脚本的实际执行者是超级用户，这意味着虚拟env中与env相关的内容没有同步结束。

您可能需要在./script.sh中指定python虚拟env，即在./script.sh：#!path/to/your/virtualenvs/python的顶部添加一行

Answer 2

运行bash脚本可以缓解这个问题，如下所示：

sudo -E PATH=$PATH ./script.sh

而不仅仅是sudo ./script.sh。

这样，sudo执行shell脚本，然后传递当前虚拟and的python路径。

在shell脚本中，您现在不需要使用sudo -E PATH=$PATH script.py执行所有python脚本，而只需使用python script.py就够了，因为在本例中，python指的是虚拟版本。