平顶山热图

Question

我一直在使用Pandas .corr()和Seaborn一起生成显示关联的热图，但是我想切换到using的.rcorr()来提供更多的控制。

import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
import pingouin as pg


df_correlation = df.rcorr(method='spearman')

这提供了一个与下面类似的df (直接取自Pingouin文档作为一个例子)。

    Neuroticism Extraversion Openness Agreeableness
Neuroticism             -          ***                     **
Extraversion        -0.35            -      ***
Openness            -0.01        0.265        -           ***
Agreeableness      -0.134        0.054    0.161             -

在使用Pandas .corr()时，我能够直接使用Seaborn绘制堆图，然后屏蔽上面的对角线，但由于***的存在，这是行不通的。

我正在寻找一种方法来绘制这张平望派生的数据作为一个热图，只取数字(但是如果*可以包含在上象限中的话)。

我目前对此的“修正”是使用一系列.replace()修改来更改'-‘用于'1’等，但这似乎不是一个很好的解决方案

df_correlation.replace(['-'], 1)

Answer 1

你可以这样做：

import numpy as np
import pandas as pd
import pingouin as pg
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

sns.set_theme() # or leave out for white background '***' and empty fields

# https://pingouin-stats.org/generated/pingouin.rcorr.html#pingouin.rcorr
df = pg.read_dataset('pairwise_corr').iloc[:, 1:]

df_correlation = df.rcorr(method='spearman')
df_correlation = df_correlation.replace('-','1.0')

# create mask (see source below in answer)
mask = np.zeros_like(df_correlation, dtype=bool)
mask[np.tril_indices_from(mask)] = True

# apply mask, and set type to float
ax = sns.heatmap(df_correlation.where(mask).astype(float), 
                 annot=True, fmt="g", cmap='YlGnBu')

# invert mask for the labels ('***' vals)
labels = df_correlation.where(~mask).to_numpy()

# add individual labels using `ax.text` (see source below in answer)
for (j,i), label in np.ndenumerate(labels):
    if isinstance(label,str):
        ax.text(i+0.5, j+0.5, label, 
                fontdict=dict(ha='center',  va='center',
                                         color='black', fontsize=20))
        
plt.show()

结果：

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因此资料来源：

关于生成掩码的Python generate a mask for the lower triangle of a matrix.

• On

• ，请参阅Exclude a column from Seaborn Heatmap formatting, but keep in the map.