合并单细胞数据对象

Question

我有来自rhapsody平台的计数矩阵，我使用函数SingleCellExperiment将其转化为一个单片机对象。

我有多个示例，运行在两个批次上，我正在使用scMerge函数进行合并(没有更正)。当合并来自同一数据集的样本时，它只合并存在于单个(非合并)数据集中的相同基因，这使我从25k降至10k唯一基因。

有办法绕过这个问题吗？或者你认为这不会影响下游的分析，因为这些基因将在合并了这两个徽章和和谐之后无论如何都会下降？

我用于合并的代码如下

sce_list_batch1 <- list((S1), (S2), (S3), (S4), (S5), (S6)) 
sce_batch1<- sce_cbind(sce_list_batch1, method = "intersect", exprs = c("counts"), colData_names = TRUE)  

Answer 1

因此，我注意到它在默认情况下添加了一个批处理更正。我现在添加了cut_off_batch =0的片段，现在它包含了所有的基因