用Vegan提取质心到数据帧的距离

Question

我有一个生物数据集，我想要计算质心和每个质心之间的距离代表一个给定的年份(因此，距离是按顺序计算的)。我正在探索usedist::dist_between_centroids()来计算高维空间中的距离，但是这看起来相当困难，因为函数需要分组变量的向量输入(在本例中是年份)。我已经将vegan::adonis()作为一种替代函数进行了探索，但我不知道如何提取距离。我使用沙丘附加了一些样本数据，并将其中一个因素重新编码为“年份”。我的实际数据集包含大约20年的数据，所以像下面这样手工计算距离是不实际的。我认为使用dist_between_centroids()的循环可能完成此任务，但我不知道如何在循环中指定分组向量。

# Species and environmental data
require(vegan)
require(usedist)

dune <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/dune2.spe.txt', row.names = 1)

dune.env <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/dune2.env.txt', row.names = 1)

data(dune) 
data(dune.env)

all_data <- cbind(dune.env, dune) %>%
              arrange(Use)

all_data$Use <- recode_factor(all_data$Use, "Hayfield"="2017")
all_data$Use <- recode_factor(all_data$Use, "Haypastu"="2018")
all_data$Use <- recode_factor(all_data$Use, "Pasture"="2019")


bio_data <- all_data[,6:35] 

bio_distmat <- vegdist(bio_data, method = "bray", na.rm=T) 


#store distance in matrix
dist_between_mat <- as.data.frame(matrix(ncol=3, nrow=2))
colnames(dist_between_mat) <- c("start_centroid","end_centroid","distance")

dist_between_mat[1,1] = "2017"
dist_between_mat[1,2] = "2018"
dist_between_mat[1,3] = dist_between_centroids(bio_distmat, 1:7,8:15) #distance between 2017 and 2018

dist_between_mat[2,1] = "2018"
dist_between_mat[2,2] = "2019"
dist_between_mat[2,3] = dist_between_centroids(bio_distmat, 8:15,16:20) #distance between 2018 and 2019

Answer 1

vegan::adonis (或vegan::adonis2)不返回该信息。vegan::betadisper有。其结果对象包含distances，这是到相应组质心的距离，元素group具有相应组的信息。如果您只想要一个组，则必须给出一个常量向量作为组。