pytest-cov没有显示覆盖范围

Question

我有一个名为CorGE的python库，其结构如下

• __init__.py
• CorGE
  • __init__.py
  • collect.py
  • command.py

• CorGE

- tests 
    - \_\_init\_\_.py
    - test\_collect.py

我正试图用pytest-cov制作一份报道报告。我看到的每一个例子/文档都是这样的

pytest CorGE/tests/ --cov CorGE/

或者这个

python -m coverage run --source=CorGE/src/CorGE -m pytest CorGE/tests/

但是这会产生一个NoCoverageWarning

CoverageWarning: No data was collected. (no-data-collected)

像这样的报告

Name                    Stmts   Miss  Cover
-------------------------------------------
src/CorGE/__init__.py       0      0   100%
src/CorGE/collect.py      127    127     0%
-------------------------------------------
TOTAL                     127    127     0%

我只是误解了如何使用这个覆盖工具吗？我花了一整天的时间尝试这些命令的不同变体，但似乎没有什么效果。会喜欢对此有更多了解的人的任何见解。

这是测试文件，以防万一是问题所在，比如没有正确地调用src文件之类的。

import os
import shutil
import tempfile
import unittest

from CorGE.command import main

class CommandTests(unittest.TestCase):
    def setUp(self):
        self.temp_dir = tempfile.mkdtemp()

        # collect_genomes input
        self.data_dir = os.path.join('/'.join(__file__.split('/')[:-1]), "test-data")
        self.ncbi_species_fp = os.path.join(self.data_dir, "TEST_TXIDS")
        self.ncbi_accessions_fp = os.path.join(self.data_dir, "TEST_ACCS")
        self.local_db_fp = os.path.join(self.data_dir, "TEST_LOCAL/")

        # collect_genomes outputs
        self.nucl_fp = os.path.join(self.temp_dir, "nucleotide/")
        self.prot_fp = os.path.join(self.temp_dir, "protein/")
        self.outgroup_fp = os.path.join(self.temp_dir, "outgroup/")
    
    def tearDown(self):
        shutil.rmtree(self.temp_dir)
    
    def test_collect_genomes(self):
        main([
            "collect_genomes",
            self.temp_dir,
            "--ncbi_species", self.ncbi_species_fp,
            "--ncbi_accessions", self.ncbi_accessions_fp,
            "--local", self.local_db_fp,
            # --outgroup left as default "2173"
        ])

        self.assertEqual(os.listdir(self.outgroup_fp).sort(), ['GCF_000016525.1.faa', 'GCF_000016525.1.fna'].sort())
        self.assertEqual(os.listdir(self.nucl_fp).sort(), ['GCF_000012885.1.fna', 'GCF_000007725.1.fna', 'GCF_000020965.1.fna',\
            'GCF_001735525.1.fna', 'GCF_007197645.1.fna', 'GCF_001375595.1.fna', 'GCF_000218545.1.fna', 'GCF_000010525.1\n.fna',\
            'GCF_000378225.1.fna', 'GCF_900111765.1.fna', 'GCF_023159115.1.fna'].sort())
        self.assertEqual(os.listdir(self.prot_fp).sort(), ['GCF_000012885.1.faa', 'GCF_000007725.1.faa', 'GCF_000020965.1.faa',\
            'GCF_001735525.1.faa', 'GCF_007197645.1.faa', 'GCF_001375595.1.faa', 'GCF_000218545.1.faa', 'GCF_000010525.1\n.faa',\
            'GCF_000378225.1.faa', 'GCF_900111765.1.faa', 'GCF_023159115.1.faa'].sort())


if __name__ == "__main__":
    unittest.main()

Answer 1

好的，我想出了办法，但是我对我的解决方案完全不满意。我所做的改变是在开发模式下安装CorGE，而不是通常使用pip install -e .，然后一切都开始工作了。

我现在从根目录pytest --cov .运行CorGE，并获得：

---------- coverage: platform linux, python 3.10.2-final-0 -----------
Name                    Stmts   Miss  Cover
-------------------------------------------
setup.py                    2      2     0%
src/CorGE/__init__.py       0      0   100%
src/CorGE/collect.py      127     19    85%
src/CorGE/command.py       43      5    88%
src/CorGE/extract.py      193    167    13%
src/__init__.py             0      0   100%
tests/__init__.py           0      0   100%
tests/test_command.py      35      1    97%
-------------------------------------------
TOTAL                     400    194    52%

为什么要这样，我不知道。为什么没有这个我就不知道了。希望这能帮助其他人在未来对此感到沮丧。