如何创建bash脚本以在每个目录中创建目录和特定文件

Question

我编写了一个bash脚本，试图生成一个目录，该目录以运行脚本的目录中的每个文件命名。

原始directory= /home/ag肺泡/data//sims/phylip_格式

sim1.phylip
sim2.phylip

要创建的目录= sim1 sim2

这些新目录的内容应该是命名新目录的原始文件的副本，以及一个名为"input“的额外文件。该文件应包含.phylip文件的名称以及以下内容：

"Name of original file"
U
5
Y
/home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt

之后，我想在所有这些新目录中运行以下命令(顺序)：

phylip dollop < input > screenout

我的方法如下，但不起作用：

!/bin/bash

for f in *.phylip;
 mkdir /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cp $f /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cd /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 echo "$f" | cat > input;
 echo "U" | cat >> input;
 echo "5" | cat >> input;
 echo "Y" | cat >> input;
 echo "/home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt" | cat >> input;
 phylip dollop < input > screenout;
;done

编辑:错误混乱看起来如下所示：

line 4: syntax error near unexpected token `mkdir'
line 4: ` mkdir /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;'

最后解决办法：

#!/bin/bash

for f in *.phylip; 
 do
 mkdir /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cp /home/agalvez/data/sims/phylip_format/$f /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 cd /home/agalvez/data/sims/dollop/$f;
 echo "$f" | cat > input;
 echo "U" | cat >> input;
 echo "5" | cat >> input;
 echo "Y" | cat >> input;
 echo "/home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt" | cat >> input;
 phylip dollop < input > screenout;
done

Answer 1

当前的问题是，在循环主体的开头缺少一个do；但是您需要重构这段代码，以避免硬编码目录结构等等。

第一行需要从字面上的两个字符#和!开始，这样才能成为有效的谢邦。

也请注意何时将引号包装在shell变量的周围？

printf可以用这里的文档代替；我喜欢这里的printf的紧凑性。

#!/bin/bash

for f in *.phylip; do
    mkdir -p dollop/"$f"
    cp "$f" dollop/"$f"
    cd dollop/"$f"
    printf "%s\n" "$f" "U" "5" "Y" \
        "/home/agalvez/data/sims/trees/tree_nodenames.txt" |
    phylip dollop > screenout
done

接下来，尝试使用http://shellcheck.net/来诊断shell脚本中许多常见的初学者问题。

Answer 2

假设您在${HOME}文件夹中有一个名为with的目录，其中包含1.txt、2.txt、3.txt文件。你可以这样完成的。修改此代码以满足您的需要。

#! /bin/bash

working_directory="${HOME}/pingping/"

cd $working_directory

for f in *.txt
do
    mkdir "${f%%.*}"
    if [ -f "${f%%.*}.txt" ]
    then
        if [ -d "${f%%.*}" ]
        then
            cp ${f%%.*}.txt ${f%%.*}
            echo "Done copying"
            #phylip dollop < input > screenout
            #echo "Succesfully ran the command
        fi
    else
        echo "not found"
    fi

done