如何查找和替换0/0至0；0/1至1和1/1到1，出现在大数据文件中的多行和多列中？

Question

我有一个包含几个列(Column10-Column28)的巨大输入文件，其中包含0/0、0/1或1/1的数据条目。我想找出并替换以下各点：

0/0至0；0/1至1；以及1/1至1。

输入文件：

#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  Sample-1    Sample-2    Sample-3    Sample-4    Sample-5    Sample-7    Sample-8    Sample-9    Sample-10   Sample-11   Sample-12   Sample-13   Sample-14   Sample-15   Sample-16   Sample-17   Sample-18   Sample-19   Sample-20   Sample-21   Sample-22   Sample-23   Sample-24   Sample-25   Sample-27   Sample-28   Sample-29   Sample-30
chr10   60074   .   G   C   .   PASS    ADP=10;HET=1;HOM=0;NC=0;SF=1;WT=0;AN=25;AC=0    GT:ADR:RDF:ABQ:DP:FREQ:ADF:RBQ:PVAL:SDP:AD:GQ:RDR:RD    0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:..:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.  .:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
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输出文件：

#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  Sample-1    Sample-2    Sample-3    Sample-4    Sample-5    Sample-7    Sample-8    Sample-9    Sample-10   Sample-11   Sample-12   Sample-13   Sample-14   Sample-15   Sample-16   Sample-17   Sample-18   Sample-19   Sample-20   Sample-21   Sample-22   Sample-23   Sample-24   Sample-25   Sample-27   Sample-28   Sample-29   Sample-30
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chr10   489979  489979  G   A   516.73  PASS    ADP=40;DP=41;DPB=41;EPPR=5.02092;GTI=0;HET=1;HOM=0;MQMR=60;NC=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=62.0891;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=999;RO=27;RPPR=3.09072;SF=0,1;SRF=17;SRP=6.95112;SRR=10;WT=0;AB=0.285714;ABP=14.1779;AF=0.5;AO=8;DPRA=0;EPP=3.0103;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=270;RPL=3;RPP=4.09604;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;AN=56;AC=4  GT:FREQ:GL:DP:ADR:RDR:GQ:AD:SDP:QR:ABQ:RDF:RO:QA:RD:ADF:RBQ:AO:PVAL 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-33.3521,0,-77.8848:41:.:.:.:.:.:999:.:.:27:504:.:.:.:14:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-57.2363,0,-62.092:44:.:.:.:.:.:832:.:.:22:778:.:.:.:21:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-33.3521,0,-77.8848:41:.:.:.:.:.:999:.:.:27:504:.:.:.:14:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-16.4346,0,-55.431:28:.:.:.:.:.:703:.:.:19:270:.:.:.:8:.0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
chr10   489993  489993  G   A   517.39  PASS    ADP=40;DP=45;DPB=45;EPPR=3.79203;GTI=0;HET=1;HOM=0;MQMR=60;NC=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=93.8892;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=900;RO=25;RPPR=5.18177;SF=0,1;SRF=15;SRP=5.18177;SRR=10;WT=0;AB=0.275862;ABP=15.6647;AF=0.5;AO=8;DPRA=0;EPP=3.0103;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=270;RPL=5;RPP=4.09604;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;AN=56;AC=4  GT:RDF:ABQ:QR:ADF:RBQ:AO:PVAL:RD:QA:RO:ADR:DP:FREQ:GL:GQ:AD:SDP:RDR 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:900:.:.:20:.:.:687:25:.:45:.:-48.5936,0,-67.7665:.:.:.:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:834:.:.:22:.:.:784:22:.:45:.:-57.4791,0,-61.9781:.:.:.:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:900:.:.:20:.:.:687:25:.:45:.:-48.5936,0,-67.7665:.:.:.:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:777:.:.:8:.:.:270:21:.:29:.:-15.8938,0,-58.4546:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
chr10   490056  .   T   C   612.45  PASS    ADP=59;DP=69;DPB=69;EPPR=6.8707;GTI=0;HET=1;HOM=0;MQMR=59.75;NC=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.021;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1092;RO=36;RPPR=3.25157;SF=0,1;SRF=19;SRP=3.25157;SRR=17;WT=0;AB=0.486486;ABP=3.06899;AF=0.5;AO=18;DPRA=0;EPP=33.8935;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.5;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=634;RPL=18;RPP=7.35324;RPR=5;RUN=1;SAF=11;SAP=4.9405;SAR=7;AN=56;AC=3  GT:SDP:FREQ:RBQ:RDR:RDF:GL:RO:ADR:ADF:QR:AD:RD:ABQ:PVAL:AO:QA:GQ:DP 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:-69.4469,0,-78.8411:36:.:.:1092:.:.:.:.:29:997:.:69 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:-60.0267,0,-33.0544:15:.:.:491:.:.:.:.:23:799:.:38  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:-10,0,-10:19:.:.:580:.:.:.:.:18:634:.:37

有人能建议一个简单的方法吗，也许是awk + gsub命令？

Answer 1

0/0至0；0/1至1；以及1/1至1。

注意:在每种情况下，您都希望将表达式替换为/后面的内容。为了简洁起见，我将使用GNU sed完成以下任务，如下所示

text 0/0 text
text 0/1 text
text 1/1 text
text text text
text 0/0 text 0/1 text 1/1 text

然后

sed 's|[01]/\([01]\)|\1|g' file.txt

给予输出

text 0 text
text 1 text
text 1 text
text text text
text 0 text 1 text 1 text

说明:我选择使用|而不是/来避免对后者进行转义，因为您有文字/。我使用捕获组替换(s)、0或1，然后使用最后一部分(0或/之后的0或1 )替换/，并在全局(g)对每一行发生的所有事件应用这种更改。

(在GNU sed 4.2.2中测试)

Answer 2

你试过用

sed 's/0\/0/0/g' file | sed 's/0\/1/1/g' | sed 's/1\/1/1/g'

Answer 3

这应该可以做到：

{m，g}awk ++NF OFS= FS='01/‘