R使用大型数据集中止吗？

Question

我在比较质谱峰，在R Studio中创建一个分子树状图。我有88,336个元素，包含48.2MB的总内存。我是在一个64 GB内存和英特尔(R)核心(商标)i9-9900kcpu@ 3.60 GHz的桌面上运行的。

我正在计算igraph网络中的峰值、'net‘net.dist <- distances(net)和计算机崩溃的距离，它们说"R会话终止了。r遇到了一个致命的错误。会话被终止了。“

我对计算机还不太了解，无法解决这个问题。我认为这是因为有那么多的峰值需要计算，但我也假设桌面应该能够处理它们？

在崩溃期间，我的session会话仅为7.56 GiB。该C驱动器有513 GB的免费。

Answer 1

目前，R/igraph只能处理最多包含2^31 - 1元素的矩阵，并且在没有警告的情况下会失败。未来的版本将更加健壮，不会崩溃。对于具有n顶点的图，距离矩阵将包含n*n元素。因此，对于具有n = 46340顶点以上的图，不能计算全距离矩阵。

但是，您可以通过将v的distances参数设置为顶点集中的一部分来逐块计算距离矩阵。

请注意，不超过2^31 - 1矩阵元素的限制来自R使用32位整数，甚至在64位平台上。还请注意，存储这许多元素已经占用了16 GB的内存。88336个顶点的全距离矩阵将占用59 GB内存，计算起来需要相当长的时间。