当使用shiny部署闪亮的应用程序时，将.Renviron文件放在哪里？

Question

我正在学习如何使用光代理部署R闪亮的应用程序，但我不知道将.Renviron文件放在哪里，该文件包含用于访问数据库的全局变量。

码头映像生成时没有任何错误，但当我使用以下方法启动容器时：

docker run -it -p 3838:3838 shinyproxy-template .

它在.Renviron文件中找不到env变量，我最终得到了一个R代码的错误，它需要全局变量。

我的当前文件夹结构如下：

shinyproxy-template/
                   |- app-folder/
                   |- .gitignore
                   |- Dockerfile
                   |- README.md
                   |- app.Rproj
                   |- Rprofile.site
                   |- .Renviron

我尝试将.Renviron文件放置在app-folder/中，然后再次构建码头映像，但仍然无法访问全局变量。

我应该把.Renviron放在哪里，这样应用程序才能访问全局变量？

Answer 1

有多种选择：

将.Renviron文件放置到容器内的预期位置

您可以向COPY添加一个Dockefile命令，以便将.Renviron文件复制到预期的位置--即用户的主目录或在Dockerfile中定义的WORKDIR位置。如果是根用户，则如下所示：

COPY .Renviron /root/

将环境变量从.Renviron添加到Dockerfile中

添加如下行：

ENV VAR1="value1"
ENV VAR2="value2"

给你的Dockerfile

将环境变量从.Renviron添加到shinyproxy配置中

可以在application.yaml配置文件中定义环境变量，方法是使用

container-env:
  VAR1: VALUE1
  VAR2: VALUE2

或

container-env-file: /path/to/.Renviron

你的应用程序规范。请注意，这里的路径位于主机上，而不是容器内。

对于docker run

在shinyproxy之外执行docker run时，可以使用参数--env-file，如下所示：

docker run -it -p 3838:3838 shinyproxy-template --env-file /path/to/shinyproxy-template/.Renviron

Releant文档链接：

• https://www.shinyproxy.io/documentation/configuration/#apps
• https://docs.docker.com/engine/reference/commandline/run/#set-environment-variables--e---env---env-file

Answer 2

编辑：看一下@Max的解决方案。我们几乎同时发了信，但他的指示比较清楚。

经过多次反复试验，我终于找到了解决办法。

首先，启动shiny外部的容器以检查这个闪亮的应用程序是否正常运行？使用docker的--env-file标志指定.Renviron文件路径。在我的例子中，由于Dockerfile和.Renviron都位于同一个文件夹中，所以我会这样做：

docker run -it --env-file .Renviron -p 3838:3838 shinyproxy-template .

该应用程序现在将识别在.Renviron文件中定义的errors，没有错误！

然后，我更改为拥有shinyproxy-2.6.1.jar文件的目录，并使用java -jar shinyproxy-2.6.1.jar再次运行它。当我试图启动我的shinyapp时出现了一个错误。它找不到敌人。

因此，我直接将它们添加到application.yml中，它与shinyproxy-2.6.1.jar位于同一个位置。

  - id: app-folder
    display-name: My App
    description: My App's title
    container-cmd: ["R", "-e", "shiny::runApp('/root/app-folder')"]
    container-image: openanalytics/shinyproxy-template
    container-env:
        ENV1: ENV1-VALUE
        ENV2: ENV2-VALUE
        ENV3: ENV3-VALUE
    access-groups: scientists

根据您的情况，将yml部分的必要部分替换为相应的部分。同样的情况也适用于env。

事实上，让我提供我整个application.yml文件的原型，看看我添加“wca”的最后一个应用程序：

proxy:
  title: Open Analytics Shiny Proxy
  logo-url: https://www.openanalytics.eu/shinyproxy/logo.png
  landing-page: /
  # hide nav bar:
  hide-navbar: true
  heartbeat-rate: 10000
  heartbeat-timeout: 60000
  port: 8080
  authentication: ldap
  admin-groups: scientists
  # Example: 'simple' authentication configuration
  users:
  - name: jack
    password: password
    groups: scientists
  - name: jeff
    password: password
    groups: mathematicians
  # Example: 'ldap' authentication configuration
  ldap:
    url: ldap://ldap.forumsys.com:389/dc=example,dc=com
    user-dn-pattern: uid={0}
    group-search-base:
    group-search-filter: (uniqueMember={0})
    manager-dn: cn=read-only-admin,dc=example,dc=com
    manager-password: password
    # Docker configuration
  docker:
    url: http://localhost:2375
    port-range-start: 20000
  specs:
  - id: 01_hello
    display-name: Hello Application
    description: Application which demonstrates the basics of a Shiny app
    container-cmd: ["R", "-e", "shinyproxy::run_01_hello()"]
    container-image: openanalytics/shinyproxy-demo
    access-groups: [scientists, mathematicians]
  - id: 06_tabsets
    container-cmd: ["R", "-e", "shinyproxy::run_06_tabsets()"]
    container-image: openanalytics/shinyproxy-demo
    access-groups: scientists
  - id: euler
    display-name: Euler's number
    description: Adding another app to shinyproxy
    container-cmd: ["R", "-e", "shiny::runApp('/root/euler')"]
    container-image: openanalytics/shinyproxy-template
    access-groups: scientists
  - id: wca
    display-name: Wasanii
    description: WhatsApp Chat Analysis
    container-cmd: ["R", "-e", "shiny::runApp('/root/wca')"]
    container-image: wca
    container-env:
        FIREBASE_API_KEY: myfirebaseapikey
        FIREBASE_PROJECT_ID: myfirebaseprojectid
        FIREBASE_AUTH_DOMAIN: myfirebaseauthdomain
        FIREBASE_STORAGE_BUCKET: myfirebasestoragebucket
        FIREBASE_APP_ID: myfirebaseappid
        FIREBASE_DATABASE_URL: myfirebasedatabaseurl
    access-groups: scientists

logging:
  file:
    shinyproxy.log

显然，有一个更好的解决方案可以直接引用.Renviron文件，但是由于我无法解决这个问题，就可以了。