根据其中一个和另一个列的观察结果创建一个新的数据集

Question

我正试图解决我面临的一个问题.假设我有这两个数据集，一种是药物的基因靶点，另一种是癌症基因的病人数据：

docetaxel   carboplatin
AR      ACVR1C
CYP3A4  ALDH1A1
ESR1    ALDH3A1
NR3C1   ARFGEF1
TACR2   BAX
TDP1    NOTCH/MAST
TP53    BCL2L12
TUBA1A  BIRC2
TUBA1B  BRCA1

和

Patient ID  Breastcancergenes
1   ESR1-CCDC170
2   ESR1
3   BCL2L14-ETV6
4   ETV6-NTRK3
5   MYB-NFIB
6   NOTCH/MAST
7   ESR1
8   ESR1-CCDC170
9   BCL2L14-ETV6
10  MYB-NFIB

我想在r中运行一个函数，它将创建一个新的数据集(第三个数据集)，该数据集将从患者数据集的观察中学习，并与其他数据集的药物匹配。例如，如下所示：

patient id breastcancergenes drug
2            ESR1            docetaxel
4            BAX             NA
6            NOTCH/MAST      carboplatin

我试过了left_join函数，但这对我没什么用。有没有人能帮我。非常感谢!

Answer 1

假设第一个dataframe称为df1，然后是第二个df2来获得您需要使用left_join连接它们的第三个数据，但在此之前，您需要首先使用pivot_longer使df1在每一行都有药物基因对，而不是当前的结构：

library(tidyverse)
df1 <- df1 %>% 
   pivot_longer(cols=everything(),names_to = 'drug',values_to='gene')

现在，可以将这两个数据帧连接起来：

df3 <- df2 %>% left_join(df1, by=c('Breastcancergenes'='gene'))