我正在64位windows 10 pro机器上使用R4.1.0中的spatstat 2.3-4。最近,我在使用Kcross时遇到了整数溢出错误,使用了大量的点数(即组合数超过了.Machine$integer.max)。例如:
W <- as.owin(list(xrange = c(688.512, 17879.746) , yrange = c(-27996.842, -7759.813)))
cells1 <- runifpoint(n = 8062, win = W)
cells2 <- runifpoint(n = 1768988, win = W)
cells3 <- superimpose(tumor = cells1 , bcell = cells2)
Kcross(cells3 , r = seq(0,200,by=5) , "tumor" , "bcell" , correction="none") # error
# Error in if (nXY <= 1024) { : missing value where TRUE/FALSE needed
# In addition: Warning message: In nX * nY : NAs produced by integer overflow
8062 * 1768988 > .Machine$integer.max
# [1] TRUE经过许多挣扎之后,我意识到错误来自于crosspairs的这一部分
if (spatstat.options("crosspairs.newcode")) {
nXY <- nX * nY
if (nXY <= 1024) {
nsize <- 1024
} 我可以通过更改spatstat选项:spatstat.options("crosspairs.newcode" = FALSE)来“修复”错误。
这是处理错误的方法吗?
更新: As Adrian.Baddeley在下面回答,现在是在GitHub上的一个新的spatstat.geom版本(当前:2.4.-0.029),其中错误是修复的。新版本在不改变选项的情况下运行良好。
发布于 2022-06-15 02:04:04
这个错误在spatstat.geom的开发版本GitHub存储库中得到了修正。
发布于 2022-06-14 19:14:11
这是一些相对较新的代码中的一个bug,用于加速底层函数crosspairs.ppp()。在新版本的spatstat.geom可用之前,您可以按照建议设置spatstat.options("crosspairs.newcode" = FALSE)来解决这个问题。
https://stackoverflow.com/questions/72616066
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