尝试用gzip解压缩文件，但错误：“名称'd‘未定义”

Question

我对生物信息学非常陌生，我正试图解压缩一个fastq.gz文件，将其转换为.bam (稍后我试图用DESeq2来分析这个转录数据)。我刚刚开始使用朱庇特笔记本解压缩文件，但无法做到这一点--下面是我使用的命令行和错误：

In [2] gzip -d /Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz

---------------------------------------------------------------------------
NameError                                 Traceback (most recent call last)
Input In [2], in <cell line: 1>()
----> 1 gzip -d /Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz

NameError: name 'd' is not defined

知道我做错了什么吗？(老实说，这可能是一切)。

Answer 1

在命令之前，应该将!gzip -d /Users/mfp/RNAdata/transcriptome-mcgirr/SRR11476490/CAE4_S34_R1_001.fastq.gz与!一起使用。gzip是您的发行版提供的二进制可执行文件，您通常从shell或命令行调用它。木星的默认行为是将命令解析为python语句。因为您的命令不是一个有效的python语句，所以您得到了一个错误。

当您用!作为命令的前缀时，它将被传递给操作系统的shell，这是您首先想要的。

您可以阅读文档这里。