如何用Python读取vcf.gz文件？

Question

我有一个vcf.gz格式的文件(例如file_name.vcf.gz) --我需要以某种方式阅读它。

我明白，首先我必须解压它，然后再阅读它。我找到了这个解决方案，但不幸的是它对我不起作用。即使是第一行(bgzip file_name.vcf或tabix file_name.vcf.gz)，它也表示SyntaxError: invalid syntax。

你能帮帮我吗？

Answer 1

赛夫和皮夫夫都可以读取vcf文件，但是cyvcf要快得多，而且维护得更主动。