snakemake:指定由glob_wildcards获得的文件

Question

如何指定glob_wildcards获得的文件

假设我的sample1.txt、sample2.txt、sample3.txt和sample4.txt位于同一个目录中。

以下代码只是一个示例：

FILES = glob_wildcards("data/{sample}.txt")
SAMPLES = FILES.sample

rule all:
    input:
        expand("{sample}txt", sample=SAMPLES),
        "concat.txt"

rule concat:
    input:
        SAMPLES[0],
        SAMPLES[1]
    output:
        "concat.txt"
    shell:
        "cat {input[0]} {input[1]} > {output}"

当我想连接rule concat中所示的sample1.txt和sample2.txt时，我如何指定这些文件？写SAMPLES[0]和SAMPLES[1]是正确的吗

Answer 1

您几乎是正确的，但请记住，glob_wildcards只返回通配符值，所以当在规则中引用文件时，需要将这些通配符值提供到特定的文件路径中。

为了保持一致性，可以继续使用expand()。

file_pattern = 'data/{sample}.txt'
SAMPLES, = glob_wildcards(file_pattern)

rule all:
    input:
        expand(file_pattern, sample=SAMPLES),
        "concat.txt"

rule concat:
    input:
        expand(file_pattern, sample=SAMPLES[:2]),
    output:
        "concat.txt"
    shell:
        "cat {input} > {output}"