获取Docker运行错误文件不存在或不可读.getwd=‘/’？

Question

我在运行docker run ...时遇到了与读取文件相关的错误，而这个闪亮的应用程序在Rstudio中运行得很好。

所有数据(输入表)、闪亮的应用程序.R文件和Docker文件都在同一个文件夹中。

第一行闪亮的应用程序，我在docker运行时出错了：

gene<-data.frame(data.table::fread('PCR_Gene_CP.GZ.csv'))

Docker文件是：

# get shiny packages image
FROM rocker/shiny:latest

#system libraries of general use
## install debian packages
RUN apt-get update -qq && apt-get -y --no-install-recommends install libxml2-dev libcairo2-dev 
libsqlite3-dev libmariadbd-dev libpq-dev libssh2-1-dev unixodbc-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev

## update system libraries
RUN apt-get update && apt-get upgrade -y && apt-get clean

# install R packages required 
# (change it dependeing on the packages you need)
RUN R -e "install.packages(pkgs=c('shiny','ggplot2','data.table','DT','dplyr','tidyr','tibble','VennDiagram'), repos='http://cran.rstudio.com/')"

COPY /app.R /app.R

# expose port
EXPOSE 3838

# run app on container start
CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/app.R', host = '0.0.0.0', port = 3838)"]

运行Docker生成、运行和日志：

docker build -t enhancer .
docker run -p 8081:3838 --name enhancer -d enhancer

docker logs -t enhancer

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​

Answer 1

您的大部分Dockerfile正在执行包安装(无论是从Linux还是从我认为是R模块的存储库)。从您自己的代码目录中复制的唯一内容是这个文件：

COPY /app.R /app.R

因为csv文件没有复制到图像中，所以它不存在，因此应用程序无法打开它。

如果您只需要这一个数据文件，可以通过更改复制行来解决这个问题：

COPY app.R PCR_Gene_CP.GZ.csv /

将R文件和cvs文件复制到图像中的/。

如果图像中必须有其他数据文件(或任何其他文件)，则可以在其中添加更多文件。您还可以复制所有内容：

COPY . /

或者可以使用各种通配符来匹配多个文件。在这里可以找到更多的文档：

https://docs.docker.com/engine/reference/builder/#copy