将miniconda2 2的环境导出到miniconda3

Question

我使用了miniconda2，但我不得不升级到miniconda3。但是，如何将miniconda3 2的环境导出到miniconda3？

提前谢谢你，

更新

我找到了here下面的脚本：

for env in $(conda env list | cut -d" " -f1); do 
   if [[ ${env:0:1} == "#" ]] ; then continue; fi;
   conda env export -n $env > ${env}.yml
done

它只选择新的miniconda3环境，而不是位于不同文件夹中的旧miniconda2。

> ls -1 /work/miniconda2/envs/
3d-dna
abyss
afterqc
busco4
...

(base)> conda activate /work//miniconda2/envs/busco4
(busco4)> 

如何修改上述脚本以从miniconda2文件夹导出？

Answer 1

我很难找到这么旧的conda YML文件。据我所知，没有万无一失的方法，但这里有一种方法可以满足解决方案的要求。

注意:这是用于linux或mac的；您可以在Windows中使用findstr。或PowerShell.

从你的环境来看：

conda env export --from-history | grep -v "prefix" > your_environment_name.yml

您可以使用cat environment.yml查看内容。这为您提供了库--但不是依赖项--并且没有任何版本编号。我这么做是因为有时依赖库会因为某种原因而被丢弃。您可能需要用您想要的python的新版本来修改它。

我认为这比conda env export | cut -f 1 -d '=' | grep -v ^prefix更好，因为有时依赖关系会被删除。

从那里

conda env create -f your_environment_name.yml -p /home/user/anaconda3/envs/your_environment_name

Answer 2

这里的另一种方法是将以前的Miniconda2包缓存(/work/miniconda2/pkgs)和环境目录(/work/miniconda2/envs)添加到pkgs_dirs和envs_dirs Conda配置设置中。这样，您就可以继续使用它们，而无需存档和重新创建。在this answer中有一些细节。

您可能需要在此之后添加Miniconda3位置，如果希望它们继续是默认设置的话。

另外，由于您安装了Conda的多个副本，您可能应该检查您的~/.bashrc (和/或~/.bash_profile)文件，以便从其他版本的conda init中删除以前的任何部分。