强制从bash脚本代码内部刷新到stdout文件

Question

我正在尝试开发一个用Python代码(Ete软件)编写的生物信息软件的输出。我在Force flushing of output to a file while bash script is still running上尝试了详细的命令( stdbuf )，但是没有工作，因为我已经看到stdbuf命令只能从shell执行，而不能从bash(How to use stdbuf on a bash function)执行。

此外，在Python中，我发现了以下可能很有趣的函数：

import sys
sys.stdout.flush()

但我不知道如何在下面附加的下一个bash脚本中实现。

其目的是，如果我只使用bash脚本中的选项-o和-e (如您所见)，输出将以不连续的方式打印到logs_40markers，这不允许我看到错误。我可以直接从shell工作，但我的互联网连接不稳定，实际上每晚都有停电，我必须重新启动命令，这将花费最少的一个星期。

#!/bin/bash
#$ -N tree
#$ -o logs_40markers
#$ -e logs_40markers
#$ -q all.q@compute-0-3
#$ -l mf=100G

stdbuf -oL

module load apps/etetoolkit-3.1.2

export QT_QPA_PLATFORM='offscreen'

ete3 build -w mafft_default-none-none-none -m sptree_fasttree_all -o provaflush --cogs coglist_species_filtered.txt -a multifasta_speciesunique.fa  --clearall --cpu 40 

&> logs_40markers

如果有人能给我一些指导/建议，请提前感谢，

祝您今天愉快,

谢谢,

马吉

Answer 1

我的一个情报员同事用PYTHONUNBUFFERED命令解决了这个问题。

#!/bin/bash #$ -N tree #$ -o logs_40markers #$ -e logs_40markers #$ -q all.q@compute 0-3 #$ -l mf=100G

module load apps/etetoolkit-3.1.2

export QT_QPA_PLATFORM='offscreen'
export PYTHONUNBUFFERED="TRUE"

ete3 build -w mafft_default-none-none-none -m sptree_fasttree_all -o provaflush --cogs coglist_species_filtered.txt -a multifasta_speciesunique.fa  --clearall --cpu 40 --v 4

要检查进程的当前情况，输入shell：

tail output.log file -f (意思如下)

我希望有人能发现这个解决方案有帮助