R中的关联数据帧

Question

我试图在病毒和它们的宿主之间建立一个关联矩阵。我有一个数据框架，其中包含两列(病原体和宿主)，如下所示：

pathogen <- c("A_virus", "B_virus","B_virus", "C_virus","C_virus", "D_virus", "D_virus")
host <- c("Human", "Human","Dog", "Lion", "Human", "Gorilla", "Dog")
FoundIn <- data.frame(pathogen,host)

FoundIn

    pathogen  host
[1] A_virus   Human 
[2] B_virus   Human
[3] B_virus   Dog
[4] C_virus   Lion
[5] C_virus   Human
[6] D_virus   Gorilla
[7] D_virus   Dog

我想要一个包含关联为1而非关联为0的数据文件，如下所示：

         Human  Dog  Lion  Gorilla  
A_virus   1      0     0      0   
B_virus   1      1     0      0  
C_virus   1      0     1      0  
D_virus   0      1     0      1   

有什么简单的方法吗？

Answer 1

使用xtabs

xtabs(~ pathogen + host, data = FoundIn)
#          host
# pathogen  Dog Gorilla Human Lion
#   A_virus   0       0     1    0
#   B_virus   1       0     1    0
#   C_virus   0       0     1    1
#   D_virus   1       1     0    0

或

table(FoundIn$pathogen, FoundIn$host) # same output

注意，这不是data.frame，而是类table。为了将该格式转换为data.frame，您必须使用行名。这当然是可行的

tbl <- xtabs(~ pathogen + host, data = FoundIn)
class(tbl) <- "matrix"
as.data.frame(tbl)
#         Dog Gorilla Human Lion
# A_virus   0       0     1    0
# B_virus   1       0     1    0
# C_virus   0       0     1    1
# D_virus   1       1     0    0

但是要知道，许多工具(特别是dplyr和tidyverse元包中的其他包)忽略并有时故意删除行名，因此经常不鼓励使用它们，建议将它们移到一个显式列(例如，使用tibble::rownames_to_column，在基本R中也很容易)。