如何使用Nibabel从同一个文件夹读取多个Nifti文件？

Question

我确实看到了几个与Nibabel有关的文件，当你只读取一个nii图像时，它可以正常工作，但是我需要从同一个文件夹中读取167个文件，我不知道怎么做。我试着使用glob，就像我们在OpenCV中使用它一样，但是它对Nibabel不起类似的作用。

data = glob.glob('path to my data' + '*.nii.gz')
print(len(data))
print(data)
data = np.asarray(data)
print(data)

Answer 1

正如上面提到的注释之一，您所描述的data只包含图像文件名，而不是它们的像素。

一旦您有了一个文件名列表(或某些容器，其中每个文件名字符串都是一个元素)，那么您可以这样做：

import numpy as np;
import nibabel as nb;

if "imdata" not in locals():    

    for i in range ( len ( data ) ):

        imname = data [ i ];

        if "imdata" not in locals():
            imdata = nb.load ( imname ).get_fdata().flatten();
            imlen  = len ( imdata );
            imdata = imdata.reshape ( 1, imlen );
        else:
            imdata = np.append ( imdata, nb.load ( imname ).get_fdata().flatten().reshape ( 1, imlen ), axis=0 );

如果图像大小相同的话，这是可行的--你将得到#images x #pixelsperimage的矩阵。当然，您也可以在3D或4D中这样做，这取决于您需要对图像数据做什么。

locals()的使用有点多，对我来说，写这篇文章是很方便的，因为我不需要在同一会话中重新加载图像。