如何将Bray不同的矩阵转换成成对的数据？

Question

我有一个Bray数据，在R中有162个样本，但是我想把它转换成一个成对的数据，这样第1列有第一个站点，第2列是被比较的第二个站点，第3列是Bray-Curtis不同的值。我使用vegdist命令，设置upper=TRUE似乎不起作用，因为它继续为自己返回整个数据格式。

获取我的BrayCurtis数据的实际代码：

df <- vegdist(my_data, method="bray", upper=TRUE) # upper is not working, returning everything
df <- as.data.frame(as.matrix(df))

我不擅长在R中转换甚至创建数据格式，因此任何建议或工具都会对此有所帮助。BrayCurtis dataframe我有行和列标题作为站点，但我需要将其转换为成对的数据格式。

我的数据示例：

    A   B   C   D
A   0   2   1   1
B   2   0   2   1
C   1   2   0   1
D   1   1   1   0

作为输出，我想要的是上面的对角线值，但作为一个成对的表：

A   B   2
A   C   1
A   D   1
B   C   2
B   D   1
C   D   1

Answer 1

在R基地：

as.data.frame.table(as.matrix(df))|>
  transform(Var1 = as.character(Var1), Var2 = as.character(Var2)) |>
  subset(Var1<Var2)

  Var1 Var2 Freq
5     A    B    2
9     A    C    1
10    B    C    2
13    A    D    1
14    B    D    1
15    C    D    1

甚至：

idx <- lower.tri(df)
cbind(rev(expand.grid(dimnames(df)))[which(idx),], val = df[idx])

   Var2 Var1 df[idx]
2     A    B       2
3     A    C       1
4     A    D       1
7     B    C       2
8     B    D       1
12    C    D       1