create_dendrogram在plotly.figure_factory中的设置

Question

我在用create_dendrogram在plotly.figure_factory中绘制树状图时遇到了一些困难。

默认的链接乐趣(linkagefun)是complete，而距离函数(distfun)的默认设置是scs.distance.pdist。

但是我想要的设置是jaccard表示distfun，average表示linkagefun：我想要的设置如下：

import pandas as pd
import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.cluster.hierarchy as such

plt.figure(figsize = (10, 10))
disMat = sch.distance.pdist(df, metric='jaccard')
disMat1 = sch.distance.squareform(disMat)
Z=sch.linkage(disMat1,method='average')
Dend=sch.dendrogram(Z,orientation='right')
plt.tick_params(
        axis='y',          
        which='both',      
        direction='in',   
        left=False,      
        right=False,         
        labelleft=False)

我注意到linkagefun可以由linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, 'average')设置，但是distfun不能由distfun='jaccard'设置，我不知道如何设置这个函数。

fig = create_dendrogram(df, orientation='left',
                        labels=df.index,
                         distfun='jaccard',
                         linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, 'average'))
fig.show()

下面是df集的示例：

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'1-7':[0,0,1,1,0,1,1],'1-2':[1,0,1,0,0,1,1],'2-3':[1,0,0,0,1,1,0],'2-2':[0,1,0,1,0,1,1],'1-1':[1,0,0,1,0,1,0],'1-3':[0,1,1,1,0,0,0],'1-5':[0,1,0,1,1,0,1]},index=['a','b','c','d','e','f','g'])

因为我需要Dash来绘制网页上的图形，所以我似乎不得不巧妙地使用create_dendrogram。

Answer 1

您可以使用partial从functools“冻结”指定距离度量的scipy.spatial.distance.pdist参数。

    from functools import partial
    from scipy.spatial.distance import pdist
    pw_jaccard_func = partial(pdist, metric='jaccard')

然后使用部分函数作为distfun的输入。

fig = create_dendrogram(df, orientation='left',
                        labels=df.index,
                        distfun=pw_jaccard_func ,
                        linkagefun=lambda x: sch.linkage(x, 'average'))