调用R中的.Fortran作为hclust

Question

我仍然是R的新手，我需要hclust函数的完整语法。我不知道如何获得hclust函数中包含的.Fortran函数的完整语法。下面是使用的.Fortran函数，有2：

hcl <- .Fortran(C_hclust, n = n, len = len, method = as.integer(i.meth), 
        ia = integer(n), ib = integer(n), crit = double(n), members = as.double(members), 
        nn = integer(n), disnn = double(n), diss = d)
hcass <- .Fortran(C_hcass2, n = n, ia = hcl$ia, ib = hcl$ib, 
        order = integer(n), iia = integer(n), iib = integer(n))

在hclust函数下面，我从R中的运行语法hclust中获得

function (d, method = "complete", members = NULL) 
{
    METHODS <- c("ward.D", "single", "complete", 
        "average", "mcquitty", "median", "centroid", 
        "ward.D2")
    if (method == "ward") {
        message("The \"ward\" method has been renamed to \"ward.D\"; note new \"ward.D2\"")
        method <- "ward.D"
    }
    i.meth <- pmatch(method, METHODS)
    if (is.na(i.meth)) 
        stop("invalid clustering method", paste("", 
            method))
    if (i.meth == -1) 
        stop("ambiguous clustering method", paste("", 
            method))
    n <- as.integer(attr(d, "Size"))
    if (is.null(n)) 
        stop("invalid dissimilarities")
    if (is.na(n) || n > 65536L) 
        stop("size cannot be NA nor exceed 65536")
    if (n < 2) 
        stop("must have n >= 2 objects to cluster")
    len <- as.integer(n * (n - 1)/2)
    if (length(d) != len) 
        (if (length(d) < len) 
            stop
        else warning)("dissimilarities of improper length")
    if (is.null(members)) 
        members <- rep(1, n)
    else if (length(members) != n) 
        stop("invalid length of members")
    storage.mode(d) <- "double"
    hcl <- .Fortran(C_hclust, n = n, len = len, method = as.integer(i.meth), 
        ia = integer(n), ib = integer(n), crit = double(n), members = as.double(members), 
        nn = integer(n), disnn = double(n), diss = d)
    hcass <- .Fortran(C_hcass2, n = n, ia = hcl$ia, ib = hcl$ib, 
        order = integer(n), iia = integer(n), iib = integer(n))
    structure(list(merge = cbind(hcass$iia[1L:(n - 1)], hcass$iib[1L:(n - 
        1)]), height = hcl$crit[1L:(n - 1)], order = hcass$order, 
        labels = attr(d, "Labels"), method = METHODS[i.meth], 
        call = match.call(), dist.method = attr(d, "method")), 
        class = "hclust")
}

如果您知道如何获得.Fortran的完整语法，请让我知道并非常感谢您。

Answer 1

.Fortran是一个基本的R函数，用于从包(或用户脚本)中调用用Fortran编写的函数，但这是非常罕见的。在您发布的代码中，它调用C_hclust和C_hcass2引用的函数。这些可能是hclust包中的私有变量。

因为这些变量是私有的，所以可能没有任何关于如何使用它们的文档。您需要获得hclust的源代码，并在src目录中查找包含Fortran源代码的.f文件。

然而，调用私有函数总是一个坏主意。在下一次更新时，包作者可能会在没有通知的情况下更改这些内容，您的代码将停止工作。即使函数没有改变，也可能存在无文档限制，因此您的调用可能无法正常工作。