如何使R用rstatix读取函数变量

Question

我试图在一个大数据帧上执行多个独立的t测试。当我创建要循环运行测试的函数时，rstatix将不会将函数变量作为变量并输入它们的值。

示例数据

if(!require(rstatix)){install.packages("rstatix");library('rstatix')}

set.seed(1)
df <- data.frame(
Type = sprintf("Type_%s", rep.int(1:2, times = 10)),
Read = rnorm(20))

T检验

stat.test <- df %>%
  t_test(Read ~ Type, paired = FALSE)
stat.test

没有统计数据的阴谋

ggplot(df, aes(x = Type, y = Read))  + 
      geom_boxplot(aes(fill= Type)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30)

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示例函数(工作正常！)

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

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我的问题

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(var2 ~ var1, paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

上面的内容返回一个错误，因为rstatix认为var1和var2是示例数据框架中的列。

我试图让R停止这种行为，但两次尝试都失败了。

尝试1

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(eval(parse(var2)) ~ eval(parse(var1)), paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

企图2

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(eval(as.name(paste(var2))) ~ eval(as.name(paste(var1))), paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

Answer 1

我进入t_test函数，看看是否会有任何指示，说明为什么我试图让这个自定义函数运行会失败。我怀疑这个问题与R处理公式和函数的方式有关。在对我的原始脚本进行了一些操作之后，我终于开始工作了。

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(as.formula(paste(var2, '~', var1)), paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

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