Gratia软件包:绘制广义加性模型(GAM)的概率而不是对数概率

Question

我试图用惠乐软件包(因为它使用ggplot2)绘制一个逻辑GAM模型，但是我希望用概率而不是日志概率来绘制效果(或部分效果)。

我曾尝试使用概率，但我更喜欢使用惠给包。会否有一种方法，特别是使用这个软件包来绘制概率？

模型(我创建了一些数据)：

set.seed(1)
Perf1 <- rlnorm(100)
Sex <- sample(c(rep(1, 40), rep(0, 60)))
set.seed(2)
Group <- sample(c(rep(1, 30), rep(0, 70)))
set.seed(3)
Perf2 <- rlnorm(200)
G <- sample(c(rep(1, 20), rep(0, 80)))
Age <- sample(c(rep(7, 15), rep(8, 20), rep(9, 30), rep(10, 10), rep(11, 15), rep(12, 10)))



sample_data <-data.frame(Age = Age,
                         Sex = Sex,
                         G = G,
                         Group = Group,
                         Perf1 = Perf1,
                         Perf2 = Perf1
)

gam_fit <- gam(Group ~ Age + Sex + G + s(Perf1, k = 20) +
      s(Perf2, k = 20),
    data = sample_data, 
    family = "binomial",
    method="REML", select = F)

draw(gam_fit, parametric = T)

使用惠给金绘图：

适合

影响或部分影响是在日志赔率尺度上，而我想要的可能性，但我不知道如何实现这一点。

Answer 1

您必须添加模型常量项并通过链接函数的逆项进行转换：

draw(gam_fit, constant = coef(gam_fit)[1], fun = inv_link(gam_fit))

(我不确定constant或fun是否适用于参数项。)