在linux中创建该列并将第二列的文件重命名为新列？

Question

示例数据：

cat lookup.tsv
SRR7015874_1.fastq
SRR7015874_2.fastq
SRR7015875_1.fastq
SRR7015875_2.fastq
SRR7015876_1.fastq
SRR7015876_2.fastq
SRR7015877_1.fastq
SRR7015877_2.fastq

使用此命令：

awk '{print $1 "\t" "SRR\_" NR ".fastq"}' lookup.tsv > lookup_table.tsv

我有两栏：

SRR7015874_1.fastq   SRR_1.fastq
SRR7015874_2.fastq   SRR_2.fastq
SRR7015875_1.fastq   SRR_3.fastq
SRR7015875_2.fastq   SRR_4.fastq
SRR7015876_1.fastq   SRR_5.fastq
SRR7015876_2.fastq   SRR_6.fastq
SRR7015877_1.fastq   SRR_7.fastq
SRR7015877_2.fastq   SRR_8.fastq

现在我想创建第三列，如下所示：

SRR1_1.fastq
SRR1_2.fastq
SRR2_1.fastq
SRR2_2.fastq
SRR3_1.fastq
SRR3_2.fastq
SRR4_1.fastq
SRR4_2.fastq

我希望使用第二列和第三列重命名文件(即，如果文件名= $2，将其更改为$3)

我试过：

cat lookup_table.tsv | while read c1 c2; do mv $c1 $c2 ; done
SRR1_1.fastq
SRR1_2.fastq
SRR2_1.fastq
SRR2_2.fastq
SRR3_1.fastq
SRR3_2.fastq

但这并不成功。我的代码/方法中有错误吗？

Answer 1

这能解决你的问题吗？

awk '{print $1 "\t" "SRR_" NR ".fastq"}' lookup.tsv > tmp
awk 'END{for (i=1; i<=4; i++) for (j=1; j<=2; j++) print "SRR" i "_" j ".fastq"}' tmp > third_column.txt
paste tmp third_column.txt > lookup_table.txt
cat lookup_table.txt
SRR7015874_1.fastq  SRR_1.fastq SRR1_1.fastq
SRR7015874_2.fastq  SRR_2.fastq SRR1_2.fastq
SRR7015875_1.fastq  SRR_3.fastq SRR2_1.fastq
SRR7015875_2.fastq  SRR_4.fastq SRR2_2.fastq
SRR7015876_1.fastq  SRR_5.fastq SRR3_1.fastq
SRR7015876_2.fastq  SRR_6.fastq SRR3_2.fastq
SRR7015877_1.fastq  SRR_7.fastq SRR4_1.fastq
SRR7015877_2.fastq  SRR_8.fastq SRR4_2.fastq

while read -r c1 c2 c3; do mv "$c2" "$c3"; done < lookup_table.txt

Answer 2

您可以使用NR和模块获得第三列的数据，每2行增加一次i，并使用另一个变量j，即1或2。

awk '{
  if (NR % 2 == 1) {++i; j=1} else {j=2}
  print $1 "\tSRR_" NR ".fastq\tSSR" i "_" j ".fastq"
}' lookup.tsv > lookup_table.tsv

文件lookup_table.tsv中的内容是

SRR7015874_1.fastq  SRR_1.fastq SRR1_1.fastq
SRR7015874_2.fastq  SRR_2.fastq SRR1_2.fastq
SRR7015875_1.fastq  SRR_3.fastq SRR2_1.fastq
SRR7015875_2.fastq  SRR_4.fastq SRR2_2.fastq
SRR7015876_1.fastq  SRR_5.fastq SRR3_1.fastq
SRR7015876_2.fastq  SRR_6.fastq SRR3_2.fastq
SRR7015877_1.fastq  SRR_7.fastq SRR4_1.fastq
SRR7015877_2.fastq  SRR_8.fastq SRR4_2.fastq

若要重命名文件：

while read c1 c2 c3; do mv "$c2" "$c3"; done < lookup_table.tsv