R中从长到宽格式的多变量

Question

我有一张像这样的长桌：

gene  tissue tpm
  A   liver   5
  A   brain   2
  B   ovary   10
  B   brain   1
  C   brain   15
  C   liver   6

我想把它转换成更广泛的格式：

gene tissue1 tissue2 tpm1 tpm2
  A  liver   brain    5    2
  B  ovary   brain    10   1
  C  brain   liver    15   6

我尝试过dcast和spread，但是我得到了这样的结果：

gene  liver brain ovary
 A      5     2     NA
 B      NA    1     10
 C      6     15    NA

这不是我想要的。

谢谢!

Answer 1

我不知道有一个函数可以同时用R语言解决这个难题，但是您可以使用for循环来重新排列数据帧。

守则列示如下：

data <- data.frame(gene=c("A","A","B","B","C","C"),
                tissue=c("liver", "brain", "ovary", "brain", "brain", "liver"),
                tpm=c(5,2,10,1,15,6))

gene.unique <- unique(data$gene)
i <- 1
for (dummy in gene.unique) {
  genes.idx <- which(data$gene == dummy)
  tissue1[i] <- data$tissue[genes.idx[1]]
  tissue2[i] <- data$tissue[genes.idx[2]]
  tpm1[i] <- data$tpm[genes.idx[1]]
  tpm2[i] <- data$tpm[genes.idx[2]]
  i <- i+1
}

data.final <- data.frame(gene=gene.unique, tissue1, tissue2, tpm1, tpm2)

  gene tissue1 tissue2 tpm1 tpm2
1    A   liver   brain    5    2
2    B   ovary   brain   10    1
3    C   brain   liver   15    6

希望它能帮到你。