从Bash导入Bio模块

Question

我正在用Linux开发一个远程服务器。我创建了一个新的环境，并安装了conda：

conda create --name new_bio python=3.5
conda activate new_bio
conda install -c conda-forge biopython

导入Bio在python中运行时工作：

(new_bio) -bash-4.2$ python
Python 3.5.5 | packaged by conda-forge | (default, Jul 23 2018, 23:45:43)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>> exit()

在运行脚本时，导入Bio工作如下：

(new_bio) -bash-4.2$ python my_Bio_script.py
hello

my_Bio_script.py：

from Bio import SeqIO
print('hello')

但是当我尝试用Bash运行我的脚本时：

(new_bio) -bash-4.2$ sbash my_bash.sh 

my_bash.sh bash文件：

#!/bin/bash
module load anaconda           ### load anaconda module
source activate new_bio        ### activating environment, environment 
must be configured before running the job


python my_Bio_script.py

我知道这个错误：

Traceback (most recent call last):
File "T.py", line 1, in <module>
from Bio import SeqIO
ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'

我必须把它作为一个贫民窟的作业发送到bash文件中。我能做什么?

Answer 1

开始调试的一个潜在方法是打印环境变量PYTHONPATH和PATH。

我建议的是打印$PATH和$PYTHONPATH。分析python版本和路径，在bash脚本中复制相同的内容。

另外，分析~/.profile和~/.bashrc文件，看看是否与PATH的python有任何出入。