奇异容器在呈现.Rmd文件时使用主机库

Question

我构建了一个基于r基映像的奇点容器，并安装了像Seurat这样的自定义库。现在，我正尝试按以下方式运行我的.Rmd脚本：

singularity exec container.sif $(Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')")

但我知道错误是：

错误：“LoadVizgen”不是从“名称空间:Seurat”导出的对象

当我打开singularity shell container.sif和打开R时，我可以加载Seurat库以及函数LoadVizgen。我的.libPaths()第一条路径是"/usr/local/lib/R/site-library" --在容器中它包含许多包，但是在主机系统中，它不包含任何包。

我理解奇异性使用我的主机库而不是容器中构建的库。我试图使用标志--no-home运行，并试图在.Rmd文件中修改.libPaths()，但仍然得到了相同的错误。而且，在这两种情况下，在执行我的.Rmd脚本时，list.files("/usr/local/lib/R/site-library")都没有包。

很高兴听到解决这个问题的办法。另外，您能告诉我或者解释为什么奇点容器默认使用主机库，以及如何控制想要使用的库的特定路径？谢谢

Answer 1

$(...)语句由bash计算，其输出就是发送到奇异容器的内容。你可能想要的是：

singularity exec container.sif Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')"
# even better with cleanenv
singularity exec -e container.sif Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')"